83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4036 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  100 
 
 		 79 aa  163  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  70.51 
 
 		 120 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  57.14 
 
 		 95 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.28 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  53.85 
 
 		 95 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  52.63 
 
 		 95 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  55.22 
 
 		 115 aa  87  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  52.11 
 
 		 98 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  57.58 
 
 		 96 aa  83.6  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  52.94 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  48.68 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  48.05 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  42.31 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  42.31 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  58.46 
 
 		 95 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  51.47 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  54.55 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  44.44 
 
 		 113 aa  77.8  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  53.73 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  48.53 
 
 		 100 aa  77.4  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  47.22 
 
 		 102 aa  77.4  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  54.1 
 
 		 95 aa  76.6  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  43.59 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  48.53 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.65 
 
 		 100 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  42.11 
 
 		 100 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  46.97 
 
 		 101 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  44.16 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  44.16 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  58.33 
 
 		 95 aa  72  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  52.31 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  49.3 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  48.61 
 
 		 107 aa  70.9  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000408802  hitchhiker  0.0000527007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  44.74 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  49.21 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  49.21 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  47.76 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  45.59 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  39.47 
 
 		 95 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.61 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000820325  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  47.14 
 
 		 95 aa  67.4  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  47.69 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  48.44 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  46.27 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  40.28 
 
 		 100 aa  63.9  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 		 95 aa  62.8  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  43.94 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  38.16 
 
 		 95 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  39.73 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  41.67 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  44.62 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  44.78 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2225  hypothetical protein  60 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.525865  normal  0.528424 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  41.89 
 
 		 107 aa  60.8  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  51.67 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  43.28 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  45.59 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.47 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  38.67 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  31.58 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  40.85 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  38.57 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  45.9 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  43.08 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  43.08 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.42 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  48.48 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  38.67 
 
 		 101 aa  50.1  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0376  excinuclease ABC subunit C  38.03 
 
 		 104 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.604182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2665  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.88 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0964299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4258  excinuclease ABC subunit C  36.62 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00754458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  38.33 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>