286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0979 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0979  TrpR binding protein WrbA  100 
 
 		 199 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4352  TrpR binding protein WrbA  93.47 
 
 		 199 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4506  TrpR binding protein WrbA  90.95 
 
 		 199 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.860905  normal  0.219797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1650  TrpR binding protein WrbA  88.44 
 
 		 199 aa  367  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0784  TrpR binding protein WrbA  85.93 
 
 		 199 aa  358  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.603035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0978  TrpR binding protein WrbA  81.91 
 
 		 199 aa  339  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.642178  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3216  flavoprotein WrbA  81.41 
 
 		 199 aa  339  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1023  flavoprotein WrbA  82.41 
 
 		 199 aa  323  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4332  flavoprotein WrbA  77.89 
 
 		 199 aa  323  1e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.294077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0057  flavoprotein WrbA  75.88 
 
 		 200 aa  317  7.999999999999999e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4096  TrpR binding protein WrbA  74.37 
 
 		 199 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.832118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2810  TrpR binding protein WrbA  72.86 
 
 		 199 aa  305  3e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.111031 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3669  TrpR binding protein WrbA  70.35 
 
 		 199 aa  296  9e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196893 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5226  TrpR binding protein WrbA  72.63 
 
 		 203 aa  296  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2181  TrpR binding protein WrbA  72.08 
 
 		 199 aa  290  9e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1384  TrpR binding protein WrbA  69.04 
 
 		 200 aa  287  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.106085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4797  TrpR binding protein WrbA  69.85 
 
 		 199 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153134  normal  0.829265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2368  TrpR binding protein WrbA  68.84 
 
 		 199 aa  284  7e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4280  TrpR binding protein WrbA  69.85 
 
 		 199 aa  282  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4647  TrpR binding protein WrbA  69.85 
 
 		 199 aa  282  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1594  TrpR binding protein WrbA  68.53 
 
 		 198 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2843  TrpR binding protein WrbA  66.83 
 
 		 199 aa  279  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8249  flavoprotein WrbA  69.85 
 
 		 199 aa  277  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.907663  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2136  TrpR binding protein WrbA  67.17 
 
 		 199 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3831  TrpR binding protein WrbA  67.51 
 
 		 200 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.872601 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1014  TrpR binding protein WrbA  64.82 
 
 		 199 aa  264  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1049  TrpR binding protein WrbA  64.82 
 
 		 199 aa  263  8.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1683  flavoprotein WrbA  65.98 
 
 		 207 aa  263  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.308348  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4564  TrpR binding protein WrbA  65.33 
 
 		 208 aa  260  8e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5291  TrpR binding protein WrbA  63.27 
 
 		 212 aa  259  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.759442 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6057  TrpR binding protein WrbA  63.13 
 
 		 200 aa  254  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7634  TrpR binding protein WrbA  62.63 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1932  TrpR binding protein WrbA  67.17 
 
 		 199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.66734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6077  TrpR binding protein WrbA  62.63 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.201338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1148  flavoprotein WrbA  66.5 
 
 		 201 aa  251  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5841  TrpR binding protein WrbA  62.63 
 
 		 200 aa  252  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.823521 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5766  TrpR binding protein WrbA  62.12 
 
 		 200 aa  249  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1505  flavoprotein WrbA  62.83 
 
 		 206 aa  249  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0774654  normal  0.0461136 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6613  TrpR binding protein WrbA  61.62 
 
 		 200 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280289 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6131  TrpR binding protein WrbA  61.62 
 
 		 200 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.629081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6351  TrpR binding protein WrbA  62.5 
 
 		 200 aa  248  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1010  flavoprotein WrbA  59.9 
 
 		 201 aa  241  3.9999999999999997e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000029905  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1277  flavoprotein WrbA  59.5 
 
 		 199 aa  236  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.079206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2002  TrpR binding protein WrbA  64.32 
 
 		 199 aa  234  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2414  flavoprotein WrbA  56.57 
 
 		 200 aa  234  8e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0620  TrpR binding protein WrbA  57.5 
 
 		 200 aa  233  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3134  TrpR binding protein WrbA  63 
 
 		 199 aa  233  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0460  TrpR binding protein WrbA  57.5 
 
 		 200 aa  233  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0771  TrpR binding protein WrbA  59.41 
 
 		 203 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4089  flavoprotein WrbA  58.5 
 
 		 199 aa  231  6e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4139  flavoprotein WrbA  63.96 
 
 		 198 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000384114  unclonable  0.00000000000397831 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1455  flavoprotein WrbA  55.05 
 
 		 200 aa  229  3e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157391  normal  0.291105 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2508  TrpR binding protein WrbA  59.2 
 
 		 203 aa  228  6e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272355  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0804  TrpR binding protein WrbA  56.44 
 
 		 203 aa  227  7e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0396  flavoprotein WrbA  59.18 
 
 		 212 aa  227  7e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1078  TrpR binding protein WrbA  60 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1229  TrpR binding protein WrbA  60 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.570385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1183  TrpR binding protein WrbA  60 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1214  TrpR binding protein WrbA  60 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.332262 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1194  TrpR binding protein WrbA  60 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0608  TrpR binding protein WrbA  63.32 
 
 		 198 aa  224  9e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01007  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2638  flavoprotein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.836437  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01014  hypothetical protein  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1122  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98388  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1117  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2591  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.172537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2120  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1242  TrpR binding protein WrbA  59.5 
 
 		 198 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1813  TrpR binding protein WrbA  57.07 
 
 		 199 aa  217  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000250234  hitchhiker  0.0000354309 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2363  TrpR binding protein WrbA  56.5 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2261  TrpR binding protein WrbA  56.5 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.999788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2043  TrpR binding protein WrbA  56.5 
 
 		 199 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0806093  normal  0.0679166 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0373  flavodoxin/nitric oxide synthase  55.56 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267004  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3387  TrpR binding protein WrbA  53 
 
 		 204 aa  206  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0637331 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1516  TrpR binding protein WrbA  57.5 
 
 		 198 aa  205  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.348571 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0105  TrpR binding protein WrbA  50.99 
 
 		 204 aa  205  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3178  flavoprotein WrbA  55.12 
 
 		 204 aa  202  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2222  flavoprotein WrbA  57.87 
 
 		 203 aa  201  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1341  TrpR binding protein WrbA  57.36 
 
 		 199 aa  197  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00380  TrpR binding protein WrbA  54.77 
 
 		 198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2234  flavoprotein WrbA  51 
 
 		 206 aa  193  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.710258  normal  0.0597949 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1914  TrpR binding protein WrbA  50 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.936643 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0958  flavoprotein WrbA  49.02 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1256  flavoprotein WrbA  47.55 
 
 		 204 aa  183  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_79909  predicted protein  45 
 
 		 277 aa  166  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.147925 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1050  flavodoxin/nitric oxide synthase  46.53 
 
 		 202 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0284539  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85539  predicted protein  42.64 
 
 		 200 aa  151  5e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.08977 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5355  flavoprotein WrbA  39.71 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.272087  normal  0.149509 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31495  predicted protein  41.03 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0157173  normal  0.0627326 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_44845  predicted protein  40 
 
 		 202 aa  149  3e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.357205  normal  0.0582237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51990  Trp repressor binding protein WrbA  43 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4560  Trp repressor binding protein WrbA  43 
 
 		 198 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309608  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4229  flavodoxin/nitric oxide synthase  42.5 
 
 		 198 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.234243  normal  0.499938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2990  flavodoxin/nitric oxide synthase  42 
 
 		 198 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  hitchhiker  0.0079617 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04240  cytoplasm protein, putative  39.79 
 
 		 211 aa  142  4e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.538448  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5986  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):flavodoxin/nitric oxide synthase  40.59 
 
 		 208 aa  141  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00297  NADH-quinone oxidoreductase Pst2, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02820)  38.34 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0359141  normal  0.396271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4633  hypothetical protein  44.61 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1246  flavoprotein WrbA  41.5 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168945 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>