More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3104 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3104  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  47.24 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  47.24 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 297 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6363  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 304 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1124  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0684  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000743111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3696  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0773  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564759  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0677  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.26 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0640  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148889  hitchhiker  0.000410503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0595  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.872616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0635  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210235  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2149  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.463348 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4568  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00026007  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0637  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  38.72 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  39.38 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6273  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.13 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3439  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03780  putative transcriptional regulator  38.7 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2782  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4054  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4295  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 345 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4202  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 324 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0903744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3728  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 348 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4053  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.35 
 
 		 311 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 316 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1659  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262273  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4499  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2553  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.36259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4312  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2851  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1579  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 315 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5120  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  37.68 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0608  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1540  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4102  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169025  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4038  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4436  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2574  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.475396  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3930  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3864  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.163001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1724  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  32.25 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1992  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3174  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>