201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0024 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0096  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.157485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>