More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3222 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
198 aa  400  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.25 
 
 
198 aa  286  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75 
 
 
194 aa  285  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  75.53 
 
 
194 aa  285  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  73.68 
 
 
197 aa  277  7e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  73.12 
 
 
192 aa  277  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  71.43 
 
 
199 aa  270  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  73.66 
 
 
192 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.36 
 
 
207 aa  266  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.67 
 
 
209 aa  250  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.31 
 
 
209 aa  244  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.61 
 
 
216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.96 
 
 
220 aa  241  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.96 
 
 
216 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.85 
 
 
217 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.38 
 
 
216 aa  228  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.85 
 
 
221 aa  224  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.38 
 
 
221 aa  224  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.49 
 
 
218 aa  224  7e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.43 
 
 
214 aa  222  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.67 
 
 
215 aa  221  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.26 
 
 
220 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.73 
 
 
220 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.26 
 
 
220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.73 
 
 
220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.26 
 
 
220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.73 
 
 
220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.79 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.95 
 
 
209 aa  216  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60 
 
 
210 aa  214  5e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.14 
 
 
219 aa  214  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.79 
 
 
209 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.07 
 
 
212 aa  207  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.29 
 
 
203 aa  206  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
217 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.75 
 
 
213 aa  204  5e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
217 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
222 aa  202  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.68 
 
 
217 aa  201  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.08 
 
 
222 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.37 
 
 
213 aa  200  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.06 
 
 
205 aa  200  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.82 
 
 
217 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.06 
 
 
205 aa  200  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.69 
 
 
229 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.88 
 
 
245 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.25 
 
 
210 aa  198  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.12 
 
 
216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.66 
 
 
223 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.08 
 
 
215 aa  196  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.55 
 
 
222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.41 
 
 
220 aa  195  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.51 
 
 
219 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.61 
 
 
220 aa  194  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.97 
 
 
219 aa  193  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.32 
 
 
220 aa  193  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.12 
 
 
216 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.43 
 
 
219 aa  192  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.6 
 
 
223 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.36 
 
 
212 aa  190  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  54.01 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.69 
 
 
224 aa  190  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.91 
 
 
249 aa  190  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  190  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  189  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.79 
 
 
220 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.68 
 
 
214 aa  189  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
212 aa  189  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.48 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.89 
 
 
226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
219 aa  188  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
219 aa  188  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.63 
 
 
216 aa  188  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.63 
 
 
219 aa  188  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.48 
 
 
212 aa  187  8e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
212 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
212 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
212 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.03 
 
 
212 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.7 
 
 
220 aa  186  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
212 aa  185  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
213 aa  185  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.19 
 
 
212 aa  184  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.21 
 
 
198 aa  184  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2550  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.33 
 
 
214 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000126905  hitchhiker  0.000000000223078 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.02 
 
 
203 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1734  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.33 
 
 
214 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000105531  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.6 
 
 
196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.76 
 
 
214 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000874228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.76 
 
 
214 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000685362  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>