198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0083 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0083  hypothetical protein  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0454  hypothetical protein  87.5 
 
 
65 aa  114  4e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0661253  normal  0.0911594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0294  hypothetical protein  87.5 
 
 
65 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0307109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0075  hypothetical protein  89.39 
 
 
66 aa  112  2e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0266  hypothetical protein  84.13 
 
 
66 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.127662  normal  0.479749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0300  hypothetical protein  81.25 
 
 
65 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222502 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0270  protein of unknown function DUF343  87.1 
 
 
65 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0837  hypothetical protein  88.24 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00693289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0487  hypothetical protein  75.81 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0933044  hitchhiker  0.000621039 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1613  protein of unknown function DUF343  81.13 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2253  hypothetical protein  73.02 
 
 
68 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.160718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2528  protein of unknown function DUF343  73.02 
 
 
68 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.900617  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2212  hypothetical protein  68.85 
 
 
140 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.106103  normal  0.265266 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2210  protein of unknown function DUF343  79.25 
 
 
68 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.451812  normal  0.154545 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2731  hypothetical protein  75.93 
 
 
85 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.923353  normal  0.0512047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1863  protein of unknown function DUF343  74.07 
 
 
69 aa  81.6  3e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.945421 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1374  protein of unknown function DUF343  67.92 
 
 
64 aa  82  3e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.379618  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0835  hypothetical protein  66.67 
 
 
64 aa  82  3e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0891  hypothetical protein  66.67 
 
 
64 aa  81.6  3e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3286  hypothetical protein  68.52 
 
 
64 aa  81.3  4e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4588  hypothetical protein  64.62 
 
 
66 aa  81.3  5e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.658837 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0424  hypothetical protein  59.02 
 
 
66 aa  80.5  6e-15  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3569  hypothetical protein  66.67 
 
 
60 aa  80.5  8e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0331586  hitchhiker  0.00582787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1922  hypothetical protein  67.92 
 
 
60 aa  79.7  1e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.504408  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1553  protein of unknown function DUF343  72.55 
 
 
60 aa  79.3  2e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2306  hypothetical protein  72.55 
 
 
60 aa  79.3  2e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.190908  normal  0.12744 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3270  hypothetical protein  63.64 
 
 
71 aa  77.8  4e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.731056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2950  hypothetical protein  66.04 
 
 
60 aa  78.2  4e-14  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0033  protein of unknown function DUF343  57.38 
 
 
63 aa  77.8  5e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508144  hitchhiker  0.000474909 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3156  hypothetical protein  64.15 
 
 
60 aa  77.8  5e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.733102  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0959  hypothetical protein  67.92 
 
 
67 aa  76.3  1e-13  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1310  hypothetical protein  65.52 
 
 
70 aa  76.3  1e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.404019  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2563  hypothetical protein  66.04 
 
 
60 aa  75.9  2e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238405  hitchhiker  0.00461164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2640  protein of unknown function DUF343  64.15 
 
 
60 aa  76.3  2e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2464  hypothetical protein  65.38 
 
 
67 aa  74.7  4e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142603 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0595  protein of unknown function DUF343  66.04 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5877  hypothetical protein  65.38 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140063  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3197  protein of unknown function DUF343  65.38 
 
 
67 aa  74.7  4e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.333049 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2594  hypothetical protein  65.38 
 
 
67 aa  74.7  4e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.129771  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0537  hypothetical protein  65.38 
 
 
67 aa  74.7  4e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199917  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4893  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  67.92 
 
 
430 aa  74.7  4e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.353495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0765  hypothetical protein  65.38 
 
 
67 aa  74.7  4e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0750  hypothetical protein  63.46 
 
 
64 aa  74.3  5e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112207  normal  0.419915 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0056  hypothetical protein  62.26 
 
 
61 aa  73.9  6e-13  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.825759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2570  hypothetical protein  63.46 
 
 
64 aa  73.9  7e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522503  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2546  hypothetical protein  63.46 
 
 
64 aa  73.9  7e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0641671  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1934  hypothetical protein  63.46 
 
 
64 aa  73.9  7e-13  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.109309  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2939  hypothetical protein  60.66 
 
 
63 aa  73.6  8e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0592  hypothetical protein  65.38 
 
 
67 aa  73.6  8e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000872604  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3047  hypothetical protein  66.67 
 
 
62 aa  73.6  8e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1491  hypothetical protein  63.46 
 
 
59 aa  73.6  9e-13  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0534  hypothetical protein  65.38 
 
 
69 aa  73.6  9e-13  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00103839  hitchhiker  7.63093e-06 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2252  protein of unknown function DUF343  64.81 
 
 
63 aa  73.2  1e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.938306 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0926  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.8  1e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0134205  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0741  hypothetical protein  63.46 
 
 
68 aa  73.2  1e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0141  hypothetical protein  63.46 
 
 
59 aa  73.6  1e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.282587  normal  0.282292 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0131  hypothetical protein  61.11 
 
 
56 aa  73.2  1e-12  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2896  hypothetical protein  61.54 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0949765  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1047  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  3.50171e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0929  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2152  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0445417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0570  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000126228  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0194  hypothetical protein  58.93 
 
 
59 aa  72.4  2e-12  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1082  tetraacyldisaccharide-1-P 4-kinase  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00991384  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2274  hypothetical protein  61.54 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00194763  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1901  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  3.21593e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3813  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446374  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2088  hypothetical protein  60.38 
 
 
60 aa  71.6  3e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  4.36005e-05  normal  0.437749 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1098  hypothetical protein  65.38 
 
 
58 aa  71.6  3e-12  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.647732  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4243  hypothetical protein  58.33 
 
 
62 aa  71.6  3e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1512  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1477  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165354  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2369  hypothetical protein  58.33 
 
 
63 aa  72  3e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.77429 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2125  hypothetical protein  64.81 
 
 
61 aa  70.9  6e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1726  protein of unknown function DUF343  64.81 
 
 
72 aa  70.5  7e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3214  protein of unknown function DUF343  58.49 
 
 
63 aa  70.5  7e-12  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2531  hypothetical protein  61.54 
 
 
62 aa  70.5  8e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0793629 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4097  protein of unknown function DUF343  59.26 
 
 
62 aa  70.1  9e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4174  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  70.1  9e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.172558  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2808  protein of unknown function DUF343  61.54 
 
 
62 aa  70.1  1e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106746  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2402  protein of unknown function DUF343  61.54 
 
 
62 aa  70.1  1e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3773  protein of unknown function DUF343  59.26 
 
 
62 aa  70.1  1e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540183  normal  0.541189 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3844  hypothetical protein  56.6 
 
 
61 aa  68.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1297  acetoacetyl-CoA reductase  60.78 
 
 
63 aa  67.4  6e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199005  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0910  hypothetical protein  55.56 
 
 
59 aa  67.4  6e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25520  hypothetical protein  59.26 
 
 
61 aa  67.4  7e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2181  hypothetical protein  59.26 
 
 
61 aa  67.4  7e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1506  tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase  60 
 
 
62 aa  67  9e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.225187  normal  0.166181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3665  hypothetical protein  56.36 
 
 
61 aa  67  9e-11  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1615  hypothetical protein  56.6 
 
 
61 aa  67  9e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822901  normal  0.149006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1821  hypothetical protein  50.91 
 
 
58 aa  66.2  1e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.135378  normal  0.937182 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2677  hypothetical protein  55.56 
 
 
59 aa  66.6  1e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.270272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1640  hypothetical protein  54.9 
 
 
59 aa  65.5  2e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1467  hypothetical protein  56.6 
 
 
59 aa  65.5  2e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2556  hypothetical protein  48.15 
 
 
67 aa  65.1  3e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00131307 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2509  hypothetical protein  57.41 
 
 
58 aa  64.3  5e-10  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1772  hypothetical protein  54.9 
 
 
57 aa  64.3  5e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1559  hypothetical protein  55.77 
 
 
59 aa  64.3  5e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.730399  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1707  hypothetical protein  57.14 
 
 
59 aa  63.9  6e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.502492  normal  0.508919 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2672  protein of unknown function DUF343  57.14 
 
 
59 aa  63.9  6e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0296171  normal  0.0260721 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>