198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1477 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1901  hypothetical protein  100 
 
 
61 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000321593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1512  hypothetical protein  100 
 
 
61 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1477  hypothetical protein  100 
 
 
61 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165354  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3813  hypothetical protein  100 
 
 
61 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446374  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3844  hypothetical protein  95.08 
 
 
61 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4174  hypothetical protein  95.08 
 
 
61 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.172558  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1615  hypothetical protein  90.16 
 
 
61 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822901  normal  0.149006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25520  hypothetical protein  86.89 
 
 
61 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2181  hypothetical protein  85.25 
 
 
61 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14770  hypothetical protein  78.69 
 
 
61 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2153  hypothetical protein  71.67 
 
 
65 aa  89.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.286356  normal  0.313374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2950  hypothetical protein  70.18 
 
 
60 aa  86.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1922  hypothetical protein  70.18 
 
 
60 aa  86.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.504408  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3156  hypothetical protein  63.16 
 
 
60 aa  85.5  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.733102  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0595  protein of unknown function DUF343  68.97 
 
 
64 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2640  protein of unknown function DUF343  66.67 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3569  hypothetical protein  64.91 
 
 
60 aa  84.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0331586  hitchhiker  0.00582787 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1374  protein of unknown function DUF343  70.49 
 
 
64 aa  83.6  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.379618  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0959  hypothetical protein  65.52 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1553  protein of unknown function DUF343  63.16 
 
 
60 aa  81.3  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2306  hypothetical protein  63.16 
 
 
60 aa  81.3  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.190908  normal  0.12744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1739  hypothetical protein  63.93 
 
 
62 aa  79.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.317629  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0266  hypothetical protein  71.7 
 
 
66 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.127662  normal  0.479749 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2563  hypothetical protein  63.16 
 
 
60 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238405  hitchhiker  0.00461164 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3270  hypothetical protein  64.91 
 
 
71 aa  78.2  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.731056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4893  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.91 
 
 
430 aa  78.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.353495 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0454  hypothetical protein  67.92 
 
 
65 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0661253  normal  0.0911594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0294  hypothetical protein  67.92 
 
 
65 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0307109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0270  protein of unknown function DUF343  67.92 
 
 
65 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57933  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1726  protein of unknown function DUF343  63.16 
 
 
72 aa  76.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316795  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2088  hypothetical protein  60 
 
 
60 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000436005  normal  0.437749 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0835  hypothetical protein  58.18 
 
 
64 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0891  hypothetical protein  58.18 
 
 
64 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883095  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1297  acetoacetyl-CoA reductase  58.62 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199005  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2307  protein of unknown function DUF343  61.4 
 
 
60 aa  74.3  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.858072  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1101  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0300  hypothetical protein  66.04 
 
 
65 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222502 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3286  hypothetical protein  60 
 
 
64 aa  73.6  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2043  protein of unknown function DUF343  59.65 
 
 
60 aa  73.6  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3214  protein of unknown function DUF343  59.65 
 
 
63 aa  73.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0075  hypothetical protein  65.38 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1718  hypothetical protein  55.17 
 
 
60 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1771  hypothetical protein  59.65 
 
 
60 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2212  hypothetical protein  57.89 
 
 
140 aa  73.2  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.106103  normal  0.265266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00921  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0400201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2726  protein of unknown function DUF343  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.334861  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2407  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.025157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1078  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00247062  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1085  hypothetical protein  56.14 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.1669  normal  0.234765 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0993  hypothetical protein  56.14 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.638813  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2679  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.10182  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1052  hypothetical protein  56.14 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.202264 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2206  protein of unknown function DUF343  59.65 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2253  hypothetical protein  60 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.160718 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1020  hypothetical protein  56.14 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.678169 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1024  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0234361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2203  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.082443  normal  0.29986 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1015  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00271663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00928  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2528  protein of unknown function DUF343  60 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.900617  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0083  hypothetical protein  60.38 
 
 
65 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1436  hypothetical protein  57.89 
 
 
60 aa  72  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2210  protein of unknown function DUF343  58.18 
 
 
68 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.451812  normal  0.154545 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2661  hypothetical protein  53.45 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.654159  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2939  hypothetical protein  60 
 
 
63 aa  71.6  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2572  hypothetical protein  53.45 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1964  hypothetical protein  53.45 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.494406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0837  hypothetical protein  61.82 
 
 
68 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00693289 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0283  hypothetical protein  59.65 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0424  hypothetical protein  60.38 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0311  protein of unknown function DUF343  59.65 
 
 
59 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1613  protein of unknown function DUF343  60 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2252  protein of unknown function DUF343  60.38 
 
 
63 aa  69.3  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.938306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1027  hypothetical protein  55.74 
 
 
61 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00107826  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0487  hypothetical protein  58.18 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0933044  hitchhiker  0.000621039 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2486  hypothetical protein  62.26 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0551102  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1310  hypothetical protein  57.14 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.404019  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01537  hypothetical protein  57.89 
 
 
59 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2731  hypothetical protein  60 
 
 
85 aa  68.6  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.923353  normal  0.0512047 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4243  hypothetical protein  56.36 
 
 
62 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4097  protein of unknown function DUF343  58.18 
 
 
62 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3773  protein of unknown function DUF343  58.18 
 
 
62 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540183  normal  0.541189 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1863  protein of unknown function DUF343  60 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.945421 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1467  hypothetical protein  56.14 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3207  hypothetical protein  58.93 
 
 
58 aa  67.8  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00232767  normal  0.26354 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0033  protein of unknown function DUF343  54.72 
 
 
63 aa  67.8  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508144  hitchhiker  0.000474909 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4588  hypothetical protein  57.69 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.658837 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0141  hypothetical protein  58.49 
 
 
59 aa  67.4  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.282587  normal  0.282292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1491  hypothetical protein  58.49 
 
 
59 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003985  protein ycaR  56.14 
 
 
59 aa  67  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2125  hypothetical protein  60.38 
 
 
61 aa  67  0.00000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2556  hypothetical protein  56.6 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00131307 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2677  hypothetical protein  54.24 
 
 
59 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.270272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0194  hypothetical protein  54.55 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3047  hypothetical protein  54.55 
 
 
62 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5877  hypothetical protein  55 
 
 
64 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140063  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2464  hypothetical protein  55 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142603 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2594  hypothetical protein  55 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.129771  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0537  hypothetical protein  55 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199917  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0926  hypothetical protein  53.33 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0134205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>