More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0127 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  625  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  76.21 
 
 
312 aa  480  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  71.1 
 
 
354 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0071  LysR family transcriptional regulator  72.55 
 
 
314 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16172  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0061  transcriptional regulator, LysR family  70.72 
 
 
314 aa  431  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3039  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 
309 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.0769631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  60.47 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  60.47 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  61.02 
 
 
308 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  61.15 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  60.81 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  58.5 
 
 
313 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  57.98 
 
 
313 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0662  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631688  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  57.84 
 
 
313 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1165  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1663  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  57.84 
 
 
313 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  57.84 
 
 
313 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1012  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2936  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  57.52 
 
 
313 aa  371  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  59.15 
 
 
309 aa  371  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  57.52 
 
 
313 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  58.17 
 
 
313 aa  368  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  57.24 
 
 
308 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  57.19 
 
 
313 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  59.54 
 
 
319 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  59.54 
 
 
319 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  57.52 
 
 
313 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  57.52 
 
 
313 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  58.88 
 
 
327 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  57.19 
 
 
313 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  56.86 
 
 
313 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  56.35 
 
 
313 aa  361  8e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  58.55 
 
 
316 aa  357  2e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  59.21 
 
 
315 aa  355  8e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  53.75 
 
 
313 aa  351  8e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  53.95 
 
 
311 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  1.24662e-06 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  55.48 
 
 
314 aa  343  2e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.79611e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  53.42 
 
 
323 aa  343  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  51.96 
 
 
320 aa  341  9e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  51.96 
 
 
320 aa  341  9e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  52.12 
 
 
312 aa  340  2e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  52.3 
 
 
306 aa  338  1e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  51.48 
 
 
320 aa  337  2e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0963  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 
308 aa  337  2e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377381  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  52.3 
 
 
326 aa  336  3e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  51.32 
 
 
324 aa  333  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
335 aa  332  4e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  50.99 
 
 
324 aa  332  7e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  50.99 
 
 
324 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  49.04 
 
 
324 aa  329  4e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42013e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  327  1e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  4.6762e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  327  1e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  327  1e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  1.99307e-11 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  51.8 
 
 
324 aa  327  2e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1583  transcriptional regulator CysB  50 
 
 
325 aa  326  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1946  transcriptional regulator CysB-like protein  53.23 
 
 
317 aa  326  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.226921  normal  0.0811949 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  48.2 
 
 
324 aa  326  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  48.68 
 
 
324 aa  325  6e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  52.65 
 
 
316 aa  325  6e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.01541e-08  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  52.65 
 
 
316 aa  325  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  7.65107e-08  normal  0.0208007 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2173  transcriptional regulator CysB-like protein  54.07 
 
 
314 aa  324  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  49.34 
 
 
324 aa  324  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  324  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22628e-05 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2599  transcriptional regulator CysB-like protein  53.05 
 
 
321 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.174943 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  51.49 
 
 
333 aa  323  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  51.31 
 
 
313 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2404  transcriptional regulator CysB-like protein  52.77 
 
 
314 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.044463  normal  0.366472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  2.2716e-08 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  50.66 
 
 
324 aa  322  5e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  49.68 
 
 
324 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>