More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2242 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
166 aa  334  3e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  99.4 
 
 
172 aa  333  7e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
173 aa  231  5e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  64.02 
 
 
178 aa  229  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
169 aa  228  3e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  67.1 
 
 
155 aa  228  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  64.02 
 
 
173 aa  228  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  226  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  226  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  226  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  63.87 
 
 
156 aa  220  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  63.87 
 
 
184 aa  220  8e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  62.58 
 
 
156 aa  219  1e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  63.23 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  219  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  64.67 
 
 
153 aa  218  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  64.02 
 
 
177 aa  218  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  64.63 
 
 
177 aa  218  4e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  62.58 
 
 
156 aa  217  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  64.63 
 
 
177 aa  216  9e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  64.63 
 
 
177 aa  216  9e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  64.63 
 
 
177 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  216  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  60.74 
 
 
178 aa  215  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
178 aa  215  3e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  66.06 
 
 
180 aa  214  3e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  66.06 
 
 
180 aa  215  3e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  64.02 
 
 
177 aa  214  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  2.59634e-09 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  63.4 
 
 
154 aa  213  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
190 aa  212  2e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  63.64 
 
 
156 aa  212  2e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  64.24 
 
 
180 aa  212  2e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
169 aa  211  5e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  64.85 
 
 
180 aa  210  6e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
180 aa  210  7e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 
159 aa  210  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
182 aa  208  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  63.64 
 
 
180 aa  207  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  63.64 
 
 
180 aa  207  7e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  63.64 
 
 
180 aa  207  7e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 
171 aa  206  1e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  63.69 
 
 
183 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56147e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  60.76 
 
 
174 aa  203  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  60.13 
 
 
177 aa  202  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  56.52 
 
 
202 aa  201  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  59.49 
 
 
179 aa  201  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  58.86 
 
 
173 aa  198  4e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  53.61 
 
 
172 aa  198  4e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  69.17 
 
 
137 aa  197  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  63.03 
 
 
180 aa  196  1e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.80897e-05  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  63.03 
 
 
180 aa  196  1e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 
194 aa  195  2e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 
194 aa  195  2e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  62.07 
 
 
147 aa  195  3e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  62.07 
 
 
147 aa  194  4e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
194 aa  194  5e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  63.87 
 
 
158 aa  194  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.57605e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  61.82 
 
 
180 aa  193  8e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.96048e-05  hitchhiker  8.35818e-05 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
178 aa  192  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2596  translation initiation factor IF-3  58.54 
 
 
177 aa  193  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  8.80416e-09  hitchhiker  0.000575086 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
171 aa  192  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  63.16 
 
 
152 aa  191  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.16617e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  57.79 
 
 
181 aa  191  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  61.88 
 
 
173 aa  191  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  2.45728e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  56.17 
 
 
185 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
173 aa  189  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0913  translation initiation factor IF-3  58.54 
 
 
172 aa  188  3e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  57.93 
 
 
205 aa  187  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  61.81 
 
 
146 aa  187  6e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 
175 aa  187  6e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
169 aa  187  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  54.27 
 
 
163 aa  187  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
173 aa  186  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 
173 aa  186  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 
173 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 
205 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
192 aa  184  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  50.31 
 
 
197 aa  184  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  49.69 
 
 
207 aa  184  5e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
176 aa  184  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
173 aa  184  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 
173 aa  184  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
176 aa  183  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2099  translation initiation factor 3  53.01 
 
 
167 aa  183  8e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.73621e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2418  translation initiation factor IF-3  53.01 
 
 
167 aa  183  8e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.03709e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
173 aa  182  1e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>