24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1935 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2288  TonB-dependent receptor  100 
 
 
776 aa  1585  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1935  TonB-dependent receptor  100 
 
 
779 aa  1592  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  5.27842e-05  normal  0.699989 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2552  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 
787 aa  336  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  6.91451e-05  normal  0.635758 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2292  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 
773 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1937  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 
773 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00253489  normal  0.908818 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1702  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 
787 aa  267  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0960904  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2040  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 
787 aa  267  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2936  hypothetical protein  33.39 
 
 
550 aa  259  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0884836  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2935  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
801 aa  240  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2551  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
777 aa  236  1e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0190132  normal  0.953315 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3609  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
819 aa  203  1e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.396824  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0705  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
799 aa  202  3e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000765865  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0295  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
799 aa  187  8e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2940  TonB-dependent receptor domain protein  29.86 
 
 
244 aa  91.7  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00105315  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2832  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 
768 aa  63.2  2e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3229  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 
768 aa  63.2  2e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0763  TonB-dependent receptor, putative  25.71 
 
 
778 aa  50.8  9e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0908  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 
778 aa  50.8  9e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  32.95 
 
 
646 aa  50.1  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.08252e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 
709 aa  47  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  32.41 
 
 
760 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  28.7 
 
 
655 aa  47  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.51 
 
 
681 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
642 aa  45.4  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>