More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4920 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4920  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
205 aa  400  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.706682  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.02 
 
 
213 aa  111  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000200463  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.5 
 
 
328 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  37.5 
 
 
328 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  32.34 
 
 
213 aa  106  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0754  translation factor SUA5  30.35 
 
 
213 aa  104  9e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00690198  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3871  translation factor SUA5  41.4 
 
 
218 aa  103  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.0428509 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3885  translation factor SUA5  41.4 
 
 
218 aa  103  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0609362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3959  translation factor SUA5  41.4 
 
 
218 aa  103  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2309  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.86 
 
 
221 aa  102  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.569528 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1428  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.13 
 
 
225 aa  101  9e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  34.87 
 
 
364 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.88 
 
 
330 aa  99.4  3e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11328  hypothetical protein  37.95 
 
 
217 aa  99  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4337  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.97 
 
 
220 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635565  normal  0.0996287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  35.18 
 
 
339 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  40.27 
 
 
188 aa  95.9  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  30.05 
 
 
325 aa  95.5  5e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1843  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.5 
 
 
203 aa  95.1  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1260  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.24 
 
 
241 aa  95.1  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00492608 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.42 
 
 
354 aa  94  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  31.47 
 
 
322 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  31.47 
 
 
322 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1238  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.17 
 
 
216 aa  93.2  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.8 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.034899999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33 
 
 
335 aa  92.8  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2417  translation factor SUA5  35.79 
 
 
259 aa  92.4  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.909334  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1501  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.27 
 
 
212 aa  91.7  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.000418868  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  39.57 
 
 
335 aa  91.7  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0748  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.24 
 
 
223 aa  91.3  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.853895  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  33.93 
 
 
201 aa  91.3  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.12 
 
 
366 aa  91.3  9e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.95 
 
 
338 aa  90.9  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.02 
 
 
335 aa  90.1  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36 
 
 
338 aa  90.1  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  35.6 
 
 
342 aa  90.5  2e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0890  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.77 
 
 
215 aa  90.1  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  38.73 
 
 
327 aa  89  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.78 
 
 
337 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19220  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35 
 
 
347 aa  88.6  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0643  translation factor SUA5  37.37 
 
 
219 aa  88.6  7e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  35.5 
 
 
336 aa  88.2  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29640  translation factor SUA5  34.41 
 
 
216 aa  87.8  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.54 
 
 
370 aa  87.8  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2612  translation factor SUA5  33.16 
 
 
215 aa  87.8  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.65 
 
 
349 aa  87.8  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  36.36 
 
 
352 aa  87.8  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.3 
 
 
337 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1234  translation factor SUA5  31.82 
 
 
198 aa  87.4  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.559123  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0901  translation factor SUA5  36.03 
 
 
367 aa  86.7  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.96 
 
 
317 aa  86.7  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.73 
 
 
225 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1307  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34 
 
 
217 aa  86.7  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.816543 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.66 
 
 
324 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1413  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.33 
 
 
205 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.377079 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.54 
 
 
327 aa  86.3  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  34.02 
 
 
328 aa  85.5  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0511  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.77 
 
 
210 aa  85.5  5e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1910  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.65 
 
 
202 aa  85.5  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0108242  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1808  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.51 
 
 
223 aa  85.1  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.73 
 
 
347 aa  84.7  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0810  SUA5/yciO/yrdC domain protein  36.11 
 
 
219 aa  84.7  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.18983  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  37.11 
 
 
186 aa  84.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  33.55 
 
 
188 aa  84.7  9e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1308  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.21 
 
 
216 aa  84.7  9e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.283902 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  37.11 
 
 
186 aa  84.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.59 
 
 
316 aa  84.7  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.59 
 
 
186 aa  84  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.66 
 
 
324 aa  84  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1783  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.08 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.37756  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2289  translation factor SUA5  35.82 
 
 
210 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6146  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.65 
 
 
216 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244825  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1789  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.41 
 
 
202 aa  84  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35 
 
 
331 aa  84.3  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3641  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.03 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  34.16 
 
 
190 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  34.57 
 
 
190 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1565  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  39.71 
 
 
324 aa  83.6  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  34.51 
 
 
351 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  33.53 
 
 
346 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.5 
 
 
343 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000833844  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  34.16 
 
 
190 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  34.16 
 
 
190 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  34.16 
 
 
190 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.36 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  37.37 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  34.67 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4146  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.79 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.4 
 
 
358 aa  82.8  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  32.93 
 
 
191 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  29.56 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  35.57 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.59 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.42 
 
 
331 aa  82.8  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2011  translation factor SUA5  32.35 
 
 
350 aa  82.4  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36.18 
 
 
187 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.53 
 
 
214 aa  82  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000551399 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0844  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.65 
 
 
218 aa  82  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.021666 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  36.92 
 
 
188 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>