More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1040 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1040  transcriptional regulator, Fur family  100 
 
 		 134 aa  280  6.000000000000001e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0885  Fe2+/Zn2+ uptake regulation protein  58.78 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0293678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3370  ferric uptake regulator, Fur family  49.62 
 
 		 167 aa  135  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.073099  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17110  zinc uptake regulator, Fur family  48.36 
 
 		 138 aa  128  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184262  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2745  ferric uptake regulator, Fur family  50.41 
 
 		 138 aa  128  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2730  ferric uptake regulator family protein  49.59 
 
 		 150 aa  127  7.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.14088 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2543  ferric-uptake regulator  48.78 
 
 		 187 aa  126  9.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.37741  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1599  ferric uptake regulator, Fur family  46.46 
 
 		 135 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.4089  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1934  zinc uptake regulator  46.83 
 
 		 135 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.395595  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1536  ferric uptake regulator, Fur family  45.6 
 
 		 130 aa  124  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.451133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7037  ferric uptake regulator, Fur family  50.41 
 
 		 150 aa  121  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2085  zinc uptake regulator  47.15 
 
 		 138 aa  121  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2340  ferric uptake regulator family protein  46.28 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0648274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4538  ferric uptake regulator family protein  46.56 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0148082  normal  0.344615 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0856  zinc uptake regulator  47.93 
 
 		 129 aa  120  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.763265  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0066  ferric uptake regulator, Fur family  45.16 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2171  ferric uptake regulator, Fur family  42.86 
 
 		 133 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00854605  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0061  zinc uptake regulator  46.34 
 
 		 142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2638  zinc uptake regulator  46.77 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.777884  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7263  ferric uptake regulator family protein  46.34 
 
 		 175 aa  118  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0956308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1772  ferric uptake regulator, Fur family  44 
 
 		 141 aa  118  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1179  Fur family ferric uptake regulator  47.11 
 
 		 142 aa  117  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.462177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2373  ferric uptake regulator, Fur family  45.97 
 
 		 154 aa  116  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000416204 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11800  zinc uptake regulator, Fur family  42.28 
 
 		 129 aa  116  9.999999999999999e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00894406  normal  0.765019 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13650  zinc uptake regulator, Fur family  45 
 
 		 136 aa  114  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.357837 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3230  ferric uptake regulator, Fur family  41.46 
 
 		 150 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0854036  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0734  ferric uptake regulator, Fur family  45.45 
 
 		 123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.264881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13670  zinc uptake regulator, Fur family  48.06 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12385  ferric uptake regulation protein furB  45.16 
 
 		 130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.473792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3458  zinc uptake regulator  44.62 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.455544  normal  0.210399 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3447  zinc uptake regulator  44.62 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0819749  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3510  zinc uptake regulator  44.62 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3820  ferric uptake regulator family protein  45.53 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.396621  normal  0.536437 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2717  ferric uptake regulator family protein  44.72 
 
 		 134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.519221 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07800  zinc uptake regulator, Fur family  43.75 
 
 		 148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1261  ferric uptake regulator, Fur family  47.62 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3150  ferric-uptake regulator  44 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.517881  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2442  ferric uptake regulator, Fur family  37.6 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000168746 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1952  negative regulator of ferric uptake  37.19 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3002  ferric uptake regulator family protein  35.2 
 
 		 153 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000499535  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3367  ferric uptake regulator family protein  33.59 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0650  ferric uptake regulator family protein  36 
 
 		 144 aa  82  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000137697  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1587  ferric uptake regulator, Fur family  37.4 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000012945  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1024  ferric uptake regulator, Fur family  33.85 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.215149  hitchhiker  0.00554488 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0322  ferric uptake regulator  40 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0603  ferric uptake regulator family protein  31.06 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.401566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1373  ferric uptake regulator, Fur family  31.75 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000536701  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1143  ferric uptake regulation protein  31.01 
 
 		 154 aa  79  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0587945  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2445  ferric uptake regulator family protein  34.68 
 
 		 143 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164453  normal  0.662654 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1379  ferric uptake regulation protein Fur  33.6 
 
 		 143 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.404925  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2147  ferric uptake regulation protein  31.78 
 
 		 155 aa  78.2  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000154091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2626  ferric uptake regulator, Fur family  35.77 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0224  putative iron-regulated membrane protein  31.78 
 
 		 155 aa  77.8  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4234  ferric uptake regulator family protein  36.44 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0343972  normal  0.519768 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0487  ferric uptake regulation protein  32.03 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0772  ferric uptake regulator family protein  33.59 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.230128  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3508  ferric uptake regulator  34.96 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2902  ferric uptake regulator  39.09 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2991  ferric uptake regulator  39.09 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00139405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2939  ferric uptake regulator, Fur family  38.53 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0253838  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1645  ferric uptake regulation protein (ferric uptake regulator)  32.03 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0753  ferric uptake regulator family protein  33.33 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0817  ferric uptake regulator family protein  33.06 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1575  ferric uptake regulator  38.05 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0577  ferric-uptake regulator  32.81 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0265  ferric-uptake regulator family  38.74 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.460406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1885  ferric uptake regulator family protein  39.64 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1905  ferric uptake regulator family protein  37.5 
 
 		 140 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00640  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0211931  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2954  ferric uptake regulator, Fur family  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000269107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0730  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000177584  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0813  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000465454  normal  0.444337 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0567  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000138653  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0752  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000171486  normal  0.37739 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2973  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00611688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1117  ferric uptake regulator, Fur family  37.61 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0849  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000679753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0778  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000701006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3125  ferric uptake regulator  38.53 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0170  ferric uptake regulator, Fur family  30.4 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0740  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000969196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0711  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0705  ferric uptake regulator  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000882448  normal  0.763196 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0291  ferric uptake regulator family protein  38.74 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.420841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0800  ferric uptake regulator  37.7 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00301514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00631  hypothetical protein  37.19 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0172811  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1206  ferric uptake regulator  38.53 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000560641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1806  ferric uptake regulator family protein  31.15 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.696064  normal  0.171205 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05900  ferric uptake regulator, Fur family  26.32 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000248432  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2152  ferric uptake regulator  37.72 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1236  ferric uptake regulator  38.53 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000206726  normal  0.895859 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2248  ferric uptake regulator, Fur family  36.07 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0111232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4555  ferric uptake regulator family protein  29.46 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0449  ferric uptake regulation protein  29.13 
 
 		 157 aa  73.6  0.0000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.270092  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1557  ferric uptake regulation protein  29.13 
 
 		 157 aa  73.6  0.0000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.754844  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0423  ferric uptake regulation protein  29.13 
 
 		 157 aa  73.6  0.0000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00356258  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3272  ferric uptake regulator, Fur family  28.03 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.710175  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4383  ferric uptake regulator, Fur family  33.87 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.134348 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1646  ferric-uptake regulator  29.37 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.200156  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1194  ferric-uptake regulator  35.04 
 
 		 159 aa  72.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>