48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3433 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3433  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 434 aa  890    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2956  PAS domain-containing protein  46.26 
 
 		 520 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0889677  normal  0.0630855 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0173  hypothetical protein  46.22 
 
 		 520 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0132875  normal  0.889008 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1521  hypothetical protein  45.94 
 
 		 520 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.665568  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2841  hypothetical protein  43.33 
 
 		 516 aa  300  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2778  putative PAS/PAC sensor protein  45.82 
 
 		 531 aa  291  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.866604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4061  putative PAS/PAC sensor protein  40.66 
 
 		 549 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.313546 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 		 829 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.572947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 		 830 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0705844  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0500  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 830 aa  143  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.919247  hitchhiker  0.00131243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0624  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 		 837 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0348163  normal  0.542065 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0082  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 837 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0085  putative sensor histidine kinase  27.75 
 
 		 835 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.376568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4290  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 861 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.731111  normal  0.889005 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0050  two component sensor kinase  31.56 
 
 		 911 aa  136  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0045  histidine kinase  27.96 
 
 		 838 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3963  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 		 861 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0207  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 		 837 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749864  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 838 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0382  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 		 843 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0667  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 		 859 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0821  histidine kinase  28.24 
 
 		 858 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2016  putative sensory box histidine kinase  27.96 
 
 		 837 aa  127  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.377194  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2099  sensory box histidine kinase, putative  27.96 
 
 		 859 aa  126  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.320612  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 		 861 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.235165  normal  0.571653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 		 857 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485802  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0588  histidine kinase  33.07 
 
 		 903 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3577  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 843 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0742  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 862 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1354  sensor histidine kinase  24.06 
 
 		 824 aa  113  5e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3246  histidine kinase  26.43 
 
 		 826 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4896  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 		 842 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4432  ATPase domain-containing protein  26.43 
 
 		 846 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.645763 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 770 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3296  histidine kinase  27.4 
 
 		 837 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.584314 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2675  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.1 
 
 		 798 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 782 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0262543  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3443  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 		 801 aa  97.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0162  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 		 787 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.842242  normal  0.67921 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.7 
 
 		 827 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 		 1603 aa  50.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3319  putative two-component sensor  26.87 
 
 		 868 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 		 510 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.94557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 727 aa  46.2  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4190  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 		 842 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0198  hypothetical protein  18.92 
 
 		 381 aa  45.1  0.003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.789712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38970  putative two-component sensor  24.75 
 
 		 881 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.687207  normal  0.985828 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  23.78 
 
 		 743 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>