More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0963 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
466 aa  957  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  2.44111e-10  hitchhiker  4.5445e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  67.81 
 
 
467 aa  642  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
466 aa  957  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  99.14 
 
 
466 aa  949  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  99.79 
 
 
466 aa  956  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
466 aa  957  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  68.17 
 
 
529 aa  627  1e-179  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.03487e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  67.96 
 
 
529 aa  627  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  67.96 
 
 
529 aa  626  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  68.17 
 
 
529 aa  627  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.35871e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  66.38 
 
 
467 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4543  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  64.72 
 
 
467 aa  612  1e-174  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1671  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  64.72 
 
 
467 aa  612  1e-174  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1707  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  64.72 
 
 
467 aa  612  1e-174  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2349  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  64.72 
 
 
467 aa  612  1e-174  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  64.72 
 
 
467 aa  612  1e-174  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2219  RNA-directed DNA polymerase  60 
 
 
473 aa  521  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.309546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1252  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.811711  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1250  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1624  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817921  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3868  group II intron-encoding maturase  58.88 
 
 
473 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3172  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3820  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.336915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1846  group II intron-encoding maturase  58.65 
 
 
473 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0227105  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0635  group II intron-encoding maturase  58.88 
 
 
473 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.26 
 
 
470 aa  477  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.77 
 
 
470 aa  475  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.77 
 
 
470 aa  475  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.52 
 
 
470 aa  475  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.8 
 
 
470 aa  473  1e-132  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.96 
 
 
446 aa  473  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  2.76308e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.03 
 
 
470 aa  470  1e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.73 
 
 
446 aa  470  1e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.03 
 
 
470 aa  470  1e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.73 
 
 
446 aa  470  1e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.26 
 
 
420 aa  458  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.77 
 
 
420 aa  454  1e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.77 
 
 
420 aa  454  1e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.77 
 
 
420 aa  454  1e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.28 
 
 
420 aa  447  1e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  55.53 
 
 
461 aa  440  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  55.53 
 
 
455 aa  441  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  53.92 
 
 
419 aa  441  1e-122  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.25765e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.88 
 
 
472 aa  412  1e-114  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  49.32 
 
 
456 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.88 
 
 
472 aa  410  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  45.35 
 
 
472 aa  399  1e-110  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.49 
 
 
455 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  47.24 
 
 
455 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.39 
 
 
455 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.49 
 
 
455 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  50.12 
 
 
429 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  50.12 
 
 
429 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  50.12 
 
 
429 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.49 
 
 
455 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4100  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.76 
 
 
450 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.720955  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.49 
 
 
455 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  49.88 
 
 
429 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.94 
 
 
423 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16674  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  48.85 
 
 
455 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  49.75 
 
 
461 aa  392  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.16 
 
 
455 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.16 
 
 
455 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.16 
 
 
455 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01296  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01083  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00350  reverse transcriptase  49.88 
 
 
430 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05463  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02975  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06996  Na-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06317  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06609  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  49.88 
 
 
430 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01811  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02426  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02652  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00141  RNA-directed DNA polymerase  50.12 
 
 
430 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.93 
 
 
455 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  50.99 
 
 
455 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.03036e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02490  RNA-directed DNA polymerase  49.64 
 
 
430 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.120749  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0939  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  5.33516e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1089  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000601644  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1257  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1430  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.96 
 
 
460 aa  378  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>