More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1846 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0635  group II intron-encoding maturase  98.1 
 
 
473 aa  952    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1250  group II intron-encoding maturase  97.89 
 
 
473 aa  896    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1252  group II intron-encoding maturase  97.89 
 
 
473 aa  896    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.811711  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1624  group II intron-encoding maturase  97.89 
 
 
473 aa  896    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817921  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1846  group II intron-encoding maturase  100 
 
 
473 aa  967    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0227105  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3172  group II intron-encoding maturase  100 
 
 
473 aa  967    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3820  group II intron-encoding maturase  100 
 
 
473 aa  967    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.336915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3868  group II intron-encoding maturase  98.1 
 
 
473 aa  952    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2219  RNA-directed DNA polymerase  83.3 
 
 
473 aa  763    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.309546 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.65 
 
 
466 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.65 
 
 
466 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.65 
 
 
466 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.65 
 
 
466 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  59.68 
 
 
529 aa  526  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  59.45 
 
 
529 aa  525  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  55.58 
 
 
529 aa  527  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.2 
 
 
466 aa  526  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  59.22 
 
 
529 aa  524  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  61.06 
 
 
467 aa  515  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.14 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.83 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2349  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.83 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1671  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.83 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1707  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.83 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4543  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.83 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  53.12 
 
 
446 aa  442  1e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.88 
 
 
446 aa  440  9.999999999999999e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.77 
 
 
446 aa  435  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  53.96 
 
 
455 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  53.96 
 
 
461 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.66 
 
 
470 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.96 
 
 
420 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.96 
 
 
420 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.66 
 
 
470 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.41 
 
 
470 aa  425  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.66 
 
 
470 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.96 
 
 
420 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.9 
 
 
470 aa  427  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.68 
 
 
470 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.72 
 
 
420 aa  420  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.68 
 
 
470 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  49.26 
 
 
419 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.04 
 
 
420 aa  414  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  49.88 
 
 
456 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.51 
 
 
472 aa  397  1e-109  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.28 
 
 
472 aa  396  1e-109  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  51.34 
 
 
455 aa  388  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.05 
 
 
472 aa  387  1e-106  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  47.27 
 
 
461 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.17 
 
 
455 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.17 
 
 
429 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.17 
 
 
429 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.26 
 
 
455 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  50.25 
 
 
455 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.41 
 
 
429 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20400  group II intron-encoding maturase  84.89 
 
 
225 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.41 
 
 
429 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.53 
 
 
455 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.53 
 
 
455 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.28 
 
 
455 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.53 
 
 
455 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.28 
 
 
455 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.28 
 
 
455 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  48.28 
 
 
455 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  47.14 
 
 
455 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  47.14 
 
 
455 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  49.75 
 
 
455 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  46.1 
 
 
434 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  46.1 
 
 
434 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0248  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.12 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000485137  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0231  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000484003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0093  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46020  RNA-directed DNA polymerase  51.1 
 
 
455 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45820  group II intron maturase  51.1 
 
 
455 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0939  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000533516  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1089  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000601644  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.120749  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  44.57 
 
 
482 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  44.57 
 
 
482 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1257  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  44.57 
 
 
482 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1430  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.88 
 
 
460 aa  368  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1349  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.65 
 
 
457 aa  364  2e-99  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000323944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4100  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.29 
 
 
450 aa  363  4e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.720955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.29 
 
 
423 aa  363  4e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16674  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.82 
 
 
469 aa  360  2e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2180  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.03 
 
 
434 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00037099  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1841  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.03 
 
 
448 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2412  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.03 
 
 
448 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  55.12 
 
 
346 aa  343  5e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.76 
 
 
475 aa  335  2e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>