31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_a001 on replicon NC_012040
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  100 
 
 
438 aa  899  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  61.77 
 
 
462 aa  570  1e-161  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  41.94 
 
 
416 aa  254  2e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  8.47879e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  33 
 
 
377 aa  115  1e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  32.64 
 
 
349 aa  106  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  29.39 
 
 
351 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  31.91 
 
 
351 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  31.91 
 
 
351 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  27.41 
 
 
393 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  32.42 
 
 
337 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  34.08 
 
 
337 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  30.7 
 
 
344 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.72 
 
 
321 aa  99.8  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  30.7 
 
 
344 aa  99.8  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  32.12 
 
 
349 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  31.89 
 
 
337 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.87 
 
 
344 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  28.11 
 
 
368 aa  95.5  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  31.09 
 
 
367 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  27.18 
 
 
377 aa  92.8  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  27.08 
 
 
409 aa  90.9  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  29.51 
 
 
344 aa  85.9  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  27.54 
 
 
368 aa  77.4  4e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  25.95 
 
 
363 aa  75.5  2e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  26.37 
 
 
368 aa  74.7  3e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  27.96 
 
 
400 aa  73.9  5e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0174  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  27.5 
 
 
529 aa  52.8  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.85378  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  24.83 
 
 
403 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0460  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  25 
 
 
524 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.919355  normal 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  24.32 
 
 
559 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  27.1 
 
 
1111 aa  43.9  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>