More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5738 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5738  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 
302 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0678785  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.38 
 
 
308 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.732084 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2010  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  62.85 
 
 
318 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360583  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.67 
 
 
291 aa  378  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1183  ABC transporter, permease protein  60.82 
 
 
307 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2817  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  60.82 
 
 
307 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.65 
 
 
275 aa  353  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
317 aa  353  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.143445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4576  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.53 
 
 
314 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00748515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.23 
 
 
319 aa  348  5e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  hitchhiker  0.000205378 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.89 
 
 
314 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 
313 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.86 
 
 
313 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3195  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 
312 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
350 aa  333  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344745  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.14 
 
 
325 aa  332  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351015  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.45 
 
 
294 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180469  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
294 aa  325  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493427  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.64 
 
 
305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.29 
 
 
305 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 
305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.825826  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3286  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 
305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
294 aa  217  2e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
290 aa  216  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
318 aa  193  4e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
319 aa  178  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
299 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
300 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0038089  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.454536  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
317 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
292 aa  162  9e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
313 aa  159  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
309 aa  159  7e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
316 aa  155  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
307 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  33 
 
 
307 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.2 
 
 
310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
299 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.45 
 
 
320 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
309 aa  153  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.69 
 
 
305 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  32.3 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
309 aa  152  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
306 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0557  ABC transporter, permease protein  32.4 
 
 
308 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0541  ABC transporter, permease protein  32.4 
 
 
308 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
309 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
312 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.746865  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  32.99 
 
 
293 aa  149  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
321 aa  149  7e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
310 aa  149  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3986  putative ABC transporter (permease protein)  32.67 
 
 
313 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.43514  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
311 aa  146  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  32.3 
 
 
310 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
323 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.939574  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.72 
 
 
318 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  31.96 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1304  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.88 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00913134  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.96 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.644081  normal  0.138738 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
314 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
316 aa  145  8.000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
315 aa  145  8.000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.34 
 
 
310 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0630  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  31.34 
 
 
310 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01490  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.25 
 
 
324 aa  145  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.659857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  32.3 
 
 
310 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
307 aa  145  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
306 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
297 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
317 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  31.96 
 
 
310 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
294 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.67 
 
 
310 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
299 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.482713 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
305 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.980812  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
302 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
315 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  30.72 
 
 
305 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  31.62 
 
 
310 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.08 
 
 
275 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  31.62 
 
 
310 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
332 aa  144  3e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.15 
 
 
354 aa  144  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
297 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
307 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0292278 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2414  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  29.77 
 
 
294 aa  143  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>