38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3683 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3683  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 346 aa  711    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1330  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  47.93 
 
 		 341 aa  303  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000015519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1043  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.04 
 
 		 341 aa  298  7e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000546658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1653  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.01 
 
 		 341 aa  292  7e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5248  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.95 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284119  normal  0.61528 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5372  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.32 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18295 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3785  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.11 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1438  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0801  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.66 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.940089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3781  hypothetical protein  28.73 
 
 		 381 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000220  hypothetical protein  29.09 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1020  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.65 
 
 		 358 aa  99.8  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05956  hypothetical protein  26.47 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1331  hypothetical protein  26.14 
 
 		 338 aa  97.1  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1308  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.42 
 
 		 410 aa  94.7  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1148  hypothetical protein  26.53 
 
 		 377 aa  93.2  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3245  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.65 
 
 		 377 aa  90.9  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0760  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.49 
 
 		 379 aa  90.5  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0690  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.98 
 
 		 357 aa  89.7  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0327295  normal  0.622853 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1007  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.68 
 
 		 377 aa  89.7  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0969  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.41 
 
 		 377 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0973  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.86 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3519  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.65 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.546474  normal  0.80442 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.58 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.52 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.823594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1059  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.06 
 
 		 408 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2966  hypothetical protein  26.11 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2933  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.41 
 
 		 396 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.06 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3704  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.9 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1859  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.91 
 
 		 344 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2783  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.32 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0990816  normal  0.632411 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0992  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.62 
 
 		 788 aa  44.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.511049  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1073  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.45 
 
 		 597 aa  45.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0786  endonuclease/exonuclease/phosphatase fa  26.6 
 
 		 339 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2442  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.24 
 
 		 339 aa  43.5  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.23952  decreased coverage  0.00360154 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0711  endonuclease/exonuclease/phosphatase  20.25 
 
 		 334 aa  43.1  0.008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0085  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.38 
 
 		 598 aa  42.7  0.01  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>