More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1009 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  100 
 
 		 65 aa  130  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 		 65 aa  83.6  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  63.08 
 
 		 65 aa  80.9  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  62.5 
 
 		 65 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1579  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 		 65 aa  79.3  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  64.62 
 
 		 65 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1162  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 		 65 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245099  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 		 65 aa  79  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 		 65 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1277  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147861  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1886  50S ribosomal protein L35P  63.08 
 
 		 67 aa  77  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1645  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 		 65 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.354073  normal  0.121255 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1975  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 		 65 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4614  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247052  normal  0.0110084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2852  50S ribosomal protein L35  63.49 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0103934 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2104  50S ribosomal protein L35  63.49 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365417  normal  0.232505 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1747  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00635626 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2857  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 67 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.20359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2051  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0770661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  54.69 
 
 		 65 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000696271  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1890  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1450  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 67 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2001  50S ribosomal protein L35P  55.56 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0130394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2398  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 67 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.35653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2182  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 65 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0779373  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1998  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 		 65 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0506186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1872  ribosomal protein L35  61.9 
 
 		 67 aa  72  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2146  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2637  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  72  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.163287  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  58.73 
 
 		 64 aa  72  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2145  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000037882  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1857  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000905032  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000637036  hitchhiker  0.0000746157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 64 aa  72  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000215801  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1871  ribosomal protein L35  53.12 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000188111  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000722256  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000825235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000210298  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000191739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1953  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1008  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230929  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1454  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1401  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158617  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1094  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0139822  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1892  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1537  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4617  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00520028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2593  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2626  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000318579  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1714  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.143899  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0995  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  52.31 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1556  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0965  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.511335  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1737  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.713888  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1477  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.567723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1373  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1361  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 81 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.531997  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1338  ribosomal protein L35  58.73 
 
 		 73 aa  70.5  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2261  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000246297  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1822  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000837501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2623  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000143878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1714  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000406642  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2301  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 		 65 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000837102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000722543  hitchhiker  0.0000219314 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852967  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0709  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 		 65 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000132711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2675  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  69.7  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.227493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2754  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3746  ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 66 aa  70.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.337014  normal  0.406609 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0982  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  69.3  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0841883 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01686  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1925  ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359648  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01675  hypothetical protein  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0162765  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1959  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000143205  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1463  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.3269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1798  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000060614  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2318  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000144382  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1969  50S ribosomal protein L35  64.52 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00375988  hitchhiker  0.00635162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1838  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121921  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0876  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000162638  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2995  ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 66 aa  69.3  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2435  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000580293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1446  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 64 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000199534  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1915  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414534  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1474  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0002542  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>