More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1420 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  78.12 
 
 
65 aa  103  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000696271  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1871  ribosomal protein L35  72.31 
 
 
65 aa  99  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000188111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2626  50S ribosomal protein L35  72.31 
 
 
65 aa  99  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000318579  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  70.77 
 
 
65 aa  97.8  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2306  ribosomal protein L35  70.31 
 
 
65 aa  93.6  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0184658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0216  50S ribosomal protein L35  67.69 
 
 
65 aa  90.5  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000459393  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1992  ribosomal protein L35  68.75 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.709618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2228  ribosomal protein L35  68.75 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00277145 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  68.75 
 
 
65 aa  90.1  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1091  50S ribosomal protein L35  67.19 
 
 
64 aa  89  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000360763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0365  50S ribosomal protein L35P  66.15 
 
 
65 aa  89  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000290331  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2145  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
65 aa  86.7  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000037882  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1857  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
65 aa  86.7  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000905032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  64.06 
 
 
65 aa  84.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  64.06 
 
 
64 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000148702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  62.5 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1234  ribosomal protein L35  71.67 
 
 
65 aa  81.6  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000264492  normal  0.0861149 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1822  LSU ribosomal protein L35P  65.62 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000209842  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0714  50S ribosomal protein L35P  60.94 
 
 
79 aa  80.1  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.391408  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1243  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
66 aa  79.7  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143813  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2995  ribosomal protein L35  60 
 
 
66 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2399  ribosomal protein L35  65.08 
 
 
63 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00298171  normal  0.367465 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2053  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
65 aa  80.1  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471288  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  78.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1771  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
66 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000608449  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1737  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
66 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617441  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0876  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  78.6  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000162638  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  77.4  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2018  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01385  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  77  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  57.81 
 
 
94 aa  76.6  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000161072  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2803  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2097  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0426  ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000276792  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05730  LSU ribosomal protein L35P  66.67 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000571086  normal  0.0115615 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1224  50S ribosomal protein L35P  56.25 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000287397  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1644a  50S ribosomal protein L35  59.68 
 
 
64 aa  75.9  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00277503  normal  0.0564408 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1881  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  75.1  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0387064  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3260  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000643202  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1757  50S ribosomal protein L35P  53.12 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000556581  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0448  50S ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000139111  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000210298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  74.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852967  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2659  ribosomal protein L35  56.45 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000049252  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000199534  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  54.69 
 
 
65 aa  73.2  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000825235  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0621  ribosomal protein L35  59.68 
 
 
68 aa  73.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000637036  hitchhiker  0.0000746157 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000722256  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230929  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000191739  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1908  ribosomal protein L35  58.06 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4705  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000804213  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4470  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000641004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4305  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000131876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4316  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000453199  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4405  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000318772  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4689  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.93198e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0555  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000323504  hitchhiker  9.12848e-25 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1953  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4698  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000030404  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4818  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000129882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2146  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
65 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145013  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4682  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000635188  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  71.2  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0799  50S ribosomal protein L35  53.23 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
64 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000722543  hitchhiker  0.0000219314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
64 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000215801  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2217  ribosomal protein L35  56.45 
 
 
64 aa  69.3  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0577163 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1413  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
64 aa  69.7  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000182997  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3447  50S ribosomal protein L35  47.69 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2637  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.163287  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0709  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000132711  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
64 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2051  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0770661  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01686  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1925  ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359648  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2010  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.800044 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1838  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121921  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2435  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000580293  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1798  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000060614  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01675  hypothetical protein  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1463  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.3269  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1726  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0353101  normal  0.481897 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1915  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414534  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1474  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0002542  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2595  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
64 aa  69.3  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000519025  hitchhiker  0.00116473 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1959  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000143205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>