268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2122 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
64 aa  128  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000215801  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2261  50S ribosomal protein L35  98.44 
 
 
64 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000246297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  98.44 
 
 
64 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  98.44 
 
 
64 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  98.44 
 
 
64 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000637036  hitchhiker  0.0000746157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  96.88 
 
 
64 aa  123  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000722543  hitchhiker  0.0000219314 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000191739  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000825235  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000722256  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230929  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  122  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852967  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  122  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000210298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000199534  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  76.92 
 
 
94 aa  97.4  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2595  50S ribosomal protein L35  66.67 
 
 
64 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000519025  hitchhiker  0.00116473 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0876  50S ribosomal protein L35  70.77 
 
 
65 aa  85.1  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000162638  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2907  ribosomal protein L35  68.85 
 
 
101 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471347  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  67.69 
 
 
65 aa  83.6  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1953  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.6  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1822  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000837501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2623  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000143878  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2051  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0770661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1714  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000406642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1890  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  67.69 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2182  50S ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0779373  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2146  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
65 aa  80.5  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145013  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1318  ribosomal protein L35  62.5 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.35652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01686  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1925  ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359648  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1726  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0353101  normal  0.481897 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1915  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414534  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1959  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000143205  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1446  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109072  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2435  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000580293  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01675  hypothetical protein  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1463  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.3269  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1798  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000060614  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1430  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000901433  normal  0.0165189 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2010  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.800044 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1838  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1474  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0002542  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  77.8  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003714  LSU ribosomal protein L35p  62.5 
 
 
64 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000181829  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1758  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02081  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000161072  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0940  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000354984  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  59.38 
 
 
65 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  59.38 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0470  ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  73.9  0.0000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.835953  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2318  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000144382  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1998  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
65 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0506186  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 
65 aa  72.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2059  ribosomal protein L35  66.1 
 
 
63 aa  72  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.617937  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  60 
 
 
65 aa  72  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 
64 aa  72  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2301  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000837102  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490106  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0714  50S ribosomal protein L35P  59.38 
 
 
79 aa  70.1  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.391408  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2506  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.684912  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28670  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000017021 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1969  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00375988  hitchhiker  0.00635162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1978  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
64 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378736  normal  0.0703875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2467  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00110477  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2380  ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2164  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000105441  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1933  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000771602  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000696271  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3479  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0370445  normal  0.0138501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3223  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1008  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1277  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147861  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2097  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2995  ribosomal protein L35  54.69 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1886  50S ribosomal protein L35P  55.38 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101932 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20440  50S ribosomal protein L35  57.38 
 
 
64 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.836721  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1579  50S ribosomal protein L35  55.74 
 
 
64 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2145  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000037882  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1857  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000905032  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2018  50S ribosomal protein L35  53.12 
 
 
65 aa  62.8  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1373  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140505  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1162  50S ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245099  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1401  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158617  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1454  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190157  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1714  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.143899  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1892  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265203  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2593  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0995  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1537  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>