29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1828 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1828  putative nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 		 116 aa  230  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2760  putative nitrogen regulatory protein P-II  87.93 
 
 		 116 aa  208  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322157  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1499  putative nitrogen regulatory protein P-II  82.76 
 
 		 116 aa  200  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.689557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2273  putative nitrogen regulatory protein P-II  81.9 
 
 		 116 aa  193  8.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000994598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1593  putative nitrogen regulatory protein P-II  74.14 
 
 		 116 aa  180  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1222  putative nitrogen regulatory protein P-II family protein  73.28 
 
 		 116 aa  176  9e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.174539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004144  nitrogen regulatory protein P-II  70.69 
 
 		 116 aa  170  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0166  hypothetical protein  68.97 
 
 		 116 aa  169  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1951  hypothetical protein  60.34 
 
 		 116 aa  154  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3477  putative nitrogen regulatory protein P-II family protein  51.72 
 
 		 116 aa  130  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654489 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3686  nitrogen regulatory protein P-II family proteins-like protein  44.25 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3140  nitrogen regulatory protein P-II  37.25 
 
 		 106 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0473  nitrogen regulatory protein P-II  31.82 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0660  hypothetical protein  32.2 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0654135  normal  0.148222 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0339  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  34.34 
 
 		 115 aa  63.5  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.180511  normal  0.821107 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0344  nitrogen regulatory protein P-II  31.62 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681147 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3467  hypothetical protein  32.48 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1089  hypothetical protein  26.5 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0803  hypothetical protein  27.97 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1465  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  33.33 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2614  nitrogen regulatory protein P-II  27.27 
 
 		 221 aa  53.1  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.103962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1788  nitrogen regulatory protein P-II  33.67 
 
 		 103 aa  53.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000022602  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1144  nitrogen regulatory protein P-II  28.28 
 
 		 221 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000024925  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0019  P-II family regulatory protein  38.82 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000803285  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0322  P-II family regulatory protein  30.21 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.10652  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0343  PII family protein  29.63 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00662152 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0658  hypothetical protein  30.28 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0909  hypothetical protein  26.53 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0747  nitrogen regulatory protein P-II  26.76 
 
 		 122 aa  40.4  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00943314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>