26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4636 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4585  conjugative transfer protein  100 
 
 
436 aa  882    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.774024 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4584  conjugative transfer protein  99.54 
 
 
436 aa  879    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4434  conjugative transfer protein  99.77 
 
 
436 aa  880    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.413402  hitchhiker  0.00000046474 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4499  conjugative transfer protein  99.77 
 
 
436 aa  879    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0252  conjugative transfer protein  78.44 
 
 
436 aa  706    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34685  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4636  conjugative transfer protein  100 
 
 
436 aa  882    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.403008  normal  0.321234 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3221  putative plasmid transfer protein  40.38 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0705  putative plasmid transfer protein  41.38 
 
 
399 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0106  TraF  37.61 
 
 
400 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0051  putative plasmid transfer protein  38.18 
 
 
396 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000649628  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0557  putative plasmid transfer protein  36.49 
 
 
397 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0619  putative plasmid transfer protein  34.66 
 
 
397 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3174  putative outer membrane or exported  32.41 
 
 
397 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4649  hypothetical protein  39.02 
 
 
266 aa  212  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0529  putative plasmid transfer protein  29.73 
 
 
398 aa  203  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000622443  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0517  putative plasmid transfer protein  33.8 
 
 
398 aa  196  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.359059  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2920  hypothetical protein  31.26 
 
 
380 aa  188  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.448898 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000817  hypothetical protein  31.48 
 
 
375 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.529615  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000131  TraF-related protein  29.91 
 
 
373 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00236694  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0502  hypothetical protein  30.97 
 
 
388 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00214405  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0674  hypothetical protein  28.38 
 
 
413 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05738  hypothetical protein  29.45 
 
 
373 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4044  putative plasmid transfer protein  33.49 
 
 
357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4490  hypothetical protein  27.23 
 
 
421 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3650  ribonuclease PH  25.23 
 
 
428 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0790  hypothetical protein  28.32 
 
 
512 aa  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>