29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1763 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1763  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 108 aa  223  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.356996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1144  stress responsive alpha-beta barrel  51.89 
 
 		 157 aa  117  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17953  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1629  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  55.56 
 
 		 135 aa  114  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01541  Stress responsive alpha-beta barrel  51.04 
 
 		 97 aa  107  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1073  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  47.92 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1578  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  44.12 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.247045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5601  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  50 
 
 		 140 aa  94.4  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00880614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0488  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  45.45 
 
 		 133 aa  94  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152282 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4395  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  43.43 
 
 		 99 aa  89  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3402  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  40.62 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4112  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  38.14 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0827  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  43.3 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2435  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  41.24 
 
 		 98 aa  85.1  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1665  hypothetical protein  36.08 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0308799  normal  0.297476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5679  stress responsive alpha-beta barrel domain- containing protein  33.01 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.281703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3871  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  35.64 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.955674  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0759  hypothetical protein  29.47 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1340  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  37.21 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000112014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0507  hypothetical protein  34.88 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000108324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0958  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  34.62 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.476404 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3290  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  34.62 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000104103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0108  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  31.31 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.142964  normal  0.279268 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0695  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  36.59 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.136948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1221  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000118757  normal  0.123 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1768  stress responsive alpha-beta barrel domain-containing protein  32.93 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.16129  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2262  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  33.33 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000422116  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4769  Stress responsive alpha-beta barrel domain protein  31.25 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1324  hypothetical protein  29.29 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.607655  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2970  hypothetical protein  32.38 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>