264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1219 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1219  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  100 
 
 
320 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1237  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  97.11 
 
 
314 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1093  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  95.81 
 
 
324 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  91.69 
 
 
314 aa  608  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0357821  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2587  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  90.73 
 
 
314 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.921846  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4349  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  90.97 
 
 
318 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528511  decreased coverage  0.00159485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2355  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  88.18 
 
 
315 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498461  normal  0.121397 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3330  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  84.89 
 
 
310 aa  553  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4370  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.22 
 
 
314 aa  541  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3292  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.94 
 
 
312 aa  534  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.449402  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2758  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.05 
 
 
313 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3099  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.94 
 
 
312 aa  534  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0281521  normal  0.928263 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3419  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.29 
 
 
312 aa  531  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1140  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  83.77 
 
 
303 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1111  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.08 
 
 
322 aa  523  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0713  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.13 
 
 
318 aa  519  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217552  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0951  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.99 
 
 
323 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1979  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  79.8 
 
 
319 aa  513  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.435226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0529  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.83 
 
 
311 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.919746  normal  0.728167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0573  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.83 
 
 
311 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.997156 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0463  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.42 
 
 
320 aa  507  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0412  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.62 
 
 
316 aa  510  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.32208  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0403  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.74 
 
 
308 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0521  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.56 
 
 
311 aa  498  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.08 
 
 
316 aa  497  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1856  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.1 
 
 
307 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.43 
 
 
307 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.168802  normal  0.470834 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0505  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.1 
 
 
307 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.659301  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2404  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.08 
 
 
327 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0305537  normal  0.944472 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2312  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.03 
 
 
316 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  74.09 
 
 
297 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.491053  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2733  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.61 
 
 
309 aa  431  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.605474  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.09 
 
 
316 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.142642  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2954  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.41 
 
 
295 aa  427  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4857  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.97 
 
 
291 aa  418  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1612  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.47 
 
 
329 aa  420  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.119742 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2181  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.97 
 
 
296 aa  419  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2186  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67 
 
 
301 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0039  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.67 
 
 
364 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11020  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.42 
 
 
310 aa  409  1e-113  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.244614  hitchhiker  0.000000479429 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1774  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.67 
 
 
329 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0563652  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00110  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.45 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2112  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.9 
 
 
316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.178674  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.67 
 
 
323 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3256  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
306 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65 
 
 
317 aa  402  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.98 
 
 
302 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2049  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.13 
 
 
309 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2056  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65 
 
 
350 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.518988  normal  0.447026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.52 
 
 
315 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.84 
 
 
315 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0026  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.98 
 
 
301 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0127788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.61 
 
 
315 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000378016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0015  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  394  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0576  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.21 
 
 
295 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000614489  hitchhiker  0.0000000000000153639 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.79 
 
 
315 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2174  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.82 
 
 
302 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.122623  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.61 
 
 
315 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000417626  normal  0.0864281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.29 
 
 
301 aa  394  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.424313  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000785129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0080  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.93 
 
 
315 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352778  decreased coverage  0.00000000000895825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0017  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000187933 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.6 
 
 
301 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.98 
 
 
301 aa  394  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0708  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.08 
 
 
301 aa  391  1e-108  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.29 
 
 
301 aa  392  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00552655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0184  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  64.26 
 
 
315 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.26 
 
 
335 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0870  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.87 
 
 
308 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0372  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.83 
 
 
314 aa  393  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.26 
 
 
317 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000663268  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.45 
 
 
318 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.583173  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.61 
 
 
315 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  hitchhiker  0.000000000112208 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.79 
 
 
317 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.569318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1220  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
304 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1440  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.14 
 
 
321 aa  391  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2575  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  61.87 
 
 
314 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000932417 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00360  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.46 
 
 
373 aa  387  1e-107  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.148194  hitchhiker  0.000000113884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.57 
 
 
301 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0111842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.92 
 
 
301 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1804  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.95 
 
 
301 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1805  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.95 
 
 
301 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1384  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.16 
 
 
320 aa  386  1e-106  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00346477  normal  0.552148 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0354  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.79 
 
 
308 aa  386  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2050  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  63.67 
 
 
308 aa  386  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.19493  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0151  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4935  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167741 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3882  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.943552  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0155  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0645  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.02 
 
 
312 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3762  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03362  hypothetical protein  63.92 
 
 
303 aa  381  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0284  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.94 
 
 
287 aa  383  1e-105  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000951554  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0543  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.22 
 
 
317 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0527  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.22 
 
 
317 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0240153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>