264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2404 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2404  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  100 
 
 
327 aa  678    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0305537  normal  0.944472 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2312  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.56 
 
 
316 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0505  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  87.92 
 
 
307 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.659301  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  87.25 
 
 
307 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.168802  normal  0.470834 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1856  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  87.58 
 
 
307 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2733  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  84.28 
 
 
309 aa  531  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.605474  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  84.85 
 
 
316 aa  530  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.142642  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0463  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.58 
 
 
320 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1111  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.97 
 
 
322 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0573  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  74.26 
 
 
311 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.997156 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0951  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.69 
 
 
323 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0529  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.93 
 
 
311 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.919746  normal  0.728167 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0412  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.57 
 
 
316 aa  457  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.32208  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4349  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.4 
 
 
318 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528511  decreased coverage  0.00159485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2355  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.77 
 
 
315 aa  460  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498461  normal  0.121397 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0521  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.48 
 
 
311 aa  457  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0713  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.67 
 
 
318 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217552  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1140  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.52 
 
 
303 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0403  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.57 
 
 
308 aa  457  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4370  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.49 
 
 
314 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3419  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.15 
 
 
312 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.53 
 
 
314 aa  457  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0357821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3099  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.82 
 
 
312 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0281521  normal  0.928263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2758  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.58 
 
 
313 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3330  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.18 
 
 
310 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3292  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.48 
 
 
312 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.449402  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2587  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.88 
 
 
314 aa  451  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.921846  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1093  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.61 
 
 
324 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1219  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.67 
 
 
320 aa  447  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1979  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.54 
 
 
319 aa  444  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.435226 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.76 
 
 
316 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1237  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.05 
 
 
314 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.82 
 
 
297 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.491053  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1612  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.71 
 
 
329 aa  421  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.119742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2954  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.27 
 
 
295 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2186  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.05 
 
 
301 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4857  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.03 
 
 
291 aa  414  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2181  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.37 
 
 
296 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2174  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.89 
 
 
302 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.122623  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2112  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.33 
 
 
316 aa  401  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.178674  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2049  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.53 
 
 
309 aa  392  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1804  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.88 
 
 
301 aa  391  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1805  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.88 
 
 
301 aa  391  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1220  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.33 
 
 
304 aa  393  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3256  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.32 
 
 
306 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11020  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.85 
 
 
310 aa  393  1e-108  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.244614  hitchhiker  0.000000479429 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1440  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.73 
 
 
321 aa  392  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0372  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63 
 
 
314 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0576  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.31 
 
 
295 aa  391  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000614489  hitchhiker  0.0000000000000153639 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0543  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.37 
 
 
317 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0527  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.37 
 
 
317 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0240153 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0015  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.27 
 
 
301 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3534  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.4 
 
 
327 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0200192 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.39 
 
 
318 aa  387  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.899304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.27 
 
 
301 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000785129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.27 
 
 
301 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.37 
 
 
317 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.21 
 
 
315 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.27 
 
 
301 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0017  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.27 
 
 
301 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000187933 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0026  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.29 
 
 
301 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0127788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.93 
 
 
301 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2050  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  62.33 
 
 
308 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.19493  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2575  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  60.2 
 
 
314 aa  381  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000932417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.93 
 
 
301 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00110  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.89 
 
 
318 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.88 
 
 
315 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4203  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.73 
 
 
301 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.24 
 
 
301 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.93 
 
 
301 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.59 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00552655 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.21 
 
 
315 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.93 
 
 
301 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4744  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.43 
 
 
301 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0039  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.37 
 
 
364 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1288  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.03 
 
 
312 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.652722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0443  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.39 
 
 
308 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0692449  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0151  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3965  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.6 
 
 
315 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000378016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0184  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  61.26 
 
 
315 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.65 
 
 
335 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1774  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.69 
 
 
329 aa  378  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0563652  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0509  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60 
 
 
322 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0598  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.54 
 
 
290 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.4959400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.6 
 
 
315 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000417626  normal  0.0864281 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0870  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.73 
 
 
308 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3762  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3696  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.4 
 
 
325 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.6 
 
 
315 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  hitchhiker  0.000000000112208 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.9 
 
 
301 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0111842  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2056  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.54 
 
 
350 aa  378  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.518988  normal  0.447026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03362  hypothetical protein  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4935  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167741 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.56 
 
 
301 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4055  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0155  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3882  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.36 
 
 
303 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.943552  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0080  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.6 
 
 
315 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352778  decreased coverage  0.00000000000895825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3850  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.01 
 
 
303 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>