264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2312 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2312  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  100 
 
 
316 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0505  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.91 
 
 
307 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.659301  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1856  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.62 
 
 
307 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.58 
 
 
307 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.168802  normal  0.470834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2733  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  83.28 
 
 
309 aa  551  1e-156  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.605474  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2404  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.56 
 
 
327 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0305537  normal  0.944472 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  79.42 
 
 
316 aa  528  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.142642  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0403  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.55 
 
 
308 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0412  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.55 
 
 
316 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.32208  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0529  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.58 
 
 
311 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.919746  normal  0.728167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0573  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.58 
 
 
311 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.997156 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0521  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.99 
 
 
311 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0951  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.43 
 
 
323 aa  461  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0463  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.27 
 
 
320 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3419  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.76 
 
 
312 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3099  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.09 
 
 
312 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0281521  normal  0.928263 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1111  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.14 
 
 
322 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4370  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.15 
 
 
314 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1140  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.81 
 
 
303 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0713  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.31 
 
 
318 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217552  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3292  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71 
 
 
312 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.449402  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2758  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.57 
 
 
313 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.3 
 
 
316 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1979  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.47 
 
 
319 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.435226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2355  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.43 
 
 
315 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498461  normal  0.121397 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3330  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.48 
 
 
310 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4349  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.26 
 
 
318 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528511  decreased coverage  0.00159485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2587  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.19 
 
 
314 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.921846  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1093  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.9 
 
 
324 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1219  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  71.14 
 
 
320 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.53 
 
 
314 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0357821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1237  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.67 
 
 
314 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  72.48 
 
 
297 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.491053  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2186  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.71 
 
 
301 aa  425  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2181  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.55 
 
 
296 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2954  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.42 
 
 
295 aa  423  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4857  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.8 
 
 
291 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1612  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  65.37 
 
 
329 aa  414  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.119742 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2174  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.63 
 
 
302 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.122623  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0509  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.43 
 
 
322 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315441  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2112  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.14 
 
 
316 aa  392  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.178674  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.76 
 
 
301 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00552655 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0576  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.95 
 
 
295 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000614489  hitchhiker  0.0000000000000153639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3256  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  63.07 
 
 
306 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4744  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.41 
 
 
301 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.71 
 
 
318 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.899304 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0543  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.68 
 
 
317 aa  388  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0527  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.68 
 
 
317 aa  388  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0240153 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2049  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.13 
 
 
309 aa  385  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.03 
 
 
317 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1440  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.29 
 
 
321 aa  385  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0443  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.07 
 
 
308 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0692449  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1288  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.34 
 
 
312 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.652722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.41 
 
 
301 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0015  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3534  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.08 
 
 
327 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0200192 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11020  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.54 
 
 
310 aa  383  1e-105  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.244614  hitchhiker  0.000000479429 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1220  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.67 
 
 
304 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.44 
 
 
287 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.89 
 
 
301 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4203  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.38 
 
 
301 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0448  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.87 
 
 
317 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0216  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.03 
 
 
317 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0389393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.41 
 
 
301 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000785129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.86 
 
 
315 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.41 
 
 
301 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.41 
 
 
301 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.79 
 
 
287 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000247076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0017  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000187933 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0026  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.08 
 
 
301 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0127788 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4178  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.34 
 
 
314 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0080  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.2 
 
 
315 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352778  decreased coverage  0.00000000000895825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.2 
 
 
315 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000378016 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1804  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.9 
 
 
301 aa  378  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1805  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.9 
 
 
301 aa  378  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0372  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.07 
 
 
314 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.2 
 
 
315 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000417626  normal  0.0864281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3696  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.6 
 
 
325 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.41 
 
 
301 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0111842  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2056  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60 
 
 
350 aa  380  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.518988  normal  0.447026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.74 
 
 
301 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.87 
 
 
315 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  hitchhiker  0.000000000112208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.54 
 
 
315 aa  377  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2575  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  59.6 
 
 
314 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000932417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60.53 
 
 
315 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0151  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  62.59 
 
 
303 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2348  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.66 
 
 
312 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0155  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.59 
 
 
303 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  59.87 
 
 
317 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000663268  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4038  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.24 
 
 
303 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300559 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0162  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.9 
 
 
303 aa  375  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  60 
 
 
287 aa  374  1e-103  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0153019  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.2 
 
 
323 aa  375  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0069  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  61.9 
 
 
304 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.055597  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0402  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.81 
 
 
328 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.41334 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3850  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.24 
 
 
303 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3869  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  62.24 
 
 
303 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>