281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1356 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1356  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  100 
 
 
102 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156431  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1335  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  94.12 
 
 
102 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4062  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  80.39 
 
 
102 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.078452  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  85.29 
 
 
102 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0754034  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1698  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  54.46 
 
 
102 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0108549  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  62.79 
 
 
102 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0245983  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0109  putative NADH dehydrogenase I chain K  63.53 
 
 
102 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0513658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1501  NADH dehydrogenase subunit K  51.61 
 
 
100 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2763  NADH dehydrogenase subunit K  51.61 
 
 
100 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2421  NADH dehydrogenase subunit K  50.98 
 
 
102 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.141986 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2869  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  47.96 
 
 
100 aa  90.5  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.680399  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3299  NADH dehydrogenase subunit K  50.54 
 
 
100 aa  90.5  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.347485  normal  0.702847 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1463  NADH dehydrogenase subunit K  52.69 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1569  NADH dehydrogenase subunit K  52.69 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1807  NADH dehydrogenase subunit K  52.69 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.637688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1403  NADH dehydrogenase subunit K  49.46 
 
 
100 aa  89.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186448  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2541  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  86.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2823  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.167717  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29890  NADH dehydrogenase subunit K  52.75 
 
 
102 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0682293  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2560  NADH dehydrogenase subunit K  52.75 
 
 
102 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02204  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1378  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.110911  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2458  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2433  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3418  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2665  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3612  NADH dehydrogenase subunit K  51.72 
 
 
102 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2558  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0668631  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2428  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2503  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2572  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1373  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.25258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02164  hypothetical protein  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.971424  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2547  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4128  NADH dehydrogenase subunit K  51.72 
 
 
102 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.816541  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1737  NADH dehydrogenase subunit K  51.72 
 
 
102 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0907851  normal  0.206498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3700  NADH dehydrogenase subunit K  51.72 
 
 
102 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.695488  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2655  NADH dehydrogenase subunit K  47.31 
 
 
100 aa  84  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3374  NADH dehydrogenase I, K subunit  49.43 
 
 
102 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1864  NADH dehydrogenase subunit K  50.57 
 
 
102 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0919453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28530  NADH dehydrogenase subunit K  51.72 
 
 
102 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.146402  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3123  NADH dehydrogenase subunit K  48.39 
 
 
102 aa  82.8  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714884  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1690  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  48.39 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3206  NADH dehydrogenase subunit K  48.28 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00833679  normal  0.168152 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1111  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  55 
 
 
102 aa  79  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.383646  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1350  NADH dehydrogenase I, K subunit  45.16 
 
 
102 aa  76.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1012  NADH dehydrogenase I, K subunit  47.06 
 
 
102 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3816  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  42.39 
 
 
102 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102397  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0582  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  54.84 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0916912  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0593  NADH dehydrogenase I, K subunit  54.84 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0495543  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0711  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  41.94 
 
 
106 aa  73.9  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00926088  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0372  NADH-quinone oxidoreductase, chain K  47.78 
 
 
100 aa  70.1  0.00000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1372  NADH dehydrogenase I chain K  38.71 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00536426  normal  0.982278 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1022  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  45.78 
 
 
115 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1039  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  43.01 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4072  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  34.31 
 
 
109 aa  67.8  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.035212  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1818  NADH dehydrogenase subunit K  38.71 
 
 
102 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000118979  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0695  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  39.58 
 
 
100 aa  67.4  0.00000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1236  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  43.16 
 
 
106 aa  65.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5943  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.48 
 
 
114 aa  65.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3248  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  39.56 
 
 
101 aa  64.7  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.798847  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0148  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  39.78 
 
 
100 aa  65.1  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000206273  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3629  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  40.86 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1607  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  42.57 
 
 
105 aa  63.9  0.0000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.267693  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0476  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  37.25 
 
 
102 aa  62.4  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0213  NADH dehydrogenase I chain K  40.43 
 
 
101 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1212  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  40.66 
 
 
106 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0142409  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0919  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  40.23 
 
 
100 aa  60.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1540  NADH dehydrogenase subunit K  36.17 
 
 
99 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0449834  normal  0.109303 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1881  NADH dehydrogenase subunit K  36.89 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.60267 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1110  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  36.96 
 
 
101 aa  60.1  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3500  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.04 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1435  NADH-quinone oxidoreductase, K subunit  39.51 
 
 
104 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2204  NADH dehydrogenase subunit K  36.89 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1273  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  38.04 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.326847 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0882  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.04 
 
 
102 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0959  NADH dehydrogenase subunit K  40.43 
 
 
103 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158616  normal  0.425824 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1570  NADH dehydrogenase subunit K  37.78 
 
 
99 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1658  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  41.38 
 
 
100 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.708964  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0549  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  41.57 
 
 
99 aa  58.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.924204  normal  0.59827 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1594  NADH dehydrogenase subunit K  37.78 
 
 
99 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582945  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0967  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  38.04 
 
 
102 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0704138 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1152  NADH dehydrogenase subunit K  39.36 
 
 
101 aa  58.5  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1752  NADH dehydrogenase subunit K  41.49 
 
 
101 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504148  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2052  NADH dehydrogenase subunit K  37.23 
 
 
101 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.71 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.840543  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1101  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  37.23 
 
 
106 aa  57.8  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.76385  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1503  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  38.04 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0163297  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0152  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.71 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2803  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  36.17 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.383978  normal  0.173 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1118  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  50.54 
 
 
103 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2051  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  37.23 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3246  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  36.96 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244776  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  36.17 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.896952  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0322  NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 4L  38.64 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.390934 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1413  putative transmembrane NADH dehydrogenase I (chain K) oxidoreductase protein  38.04 
 
 
102 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.0563536 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0971  NADH dehydrogenase subunit K  38.71 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593359  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0477  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  36 
 
 
108 aa  56.2  0.0000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0157234  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2995  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  39.36 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0191  NADH dehydrogenase subunit K  33.7 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>