More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3700 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4128  NADH dehydrogenase subunit K  100 
 
 
102 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.816541  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1737  NADH dehydrogenase subunit K  100 
 
 
102 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0907851  normal  0.206498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3700  NADH dehydrogenase subunit K  100 
 
 
102 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.695488  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1864  NADH dehydrogenase subunit K  99.02 
 
 
102 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0919453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3612  NADH dehydrogenase subunit K  96.08 
 
 
102 aa  193  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3374  NADH dehydrogenase I, K subunit  93.14 
 
 
102 aa  191  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3206  NADH dehydrogenase subunit K  93.14 
 
 
102 aa  189  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00833679  normal  0.168152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2560  NADH dehydrogenase subunit K  91.18 
 
 
102 aa  183  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29890  NADH dehydrogenase subunit K  91.18 
 
 
102 aa  183  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0682293  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28530  NADH dehydrogenase subunit K  86.27 
 
 
102 aa  179  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.146402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2421  NADH dehydrogenase subunit K  87.25 
 
 
102 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.141986 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3123  NADH dehydrogenase subunit K  77.45 
 
 
102 aa  163  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714884  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3299  NADH dehydrogenase subunit K  76.77 
 
 
100 aa  154  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.347485  normal  0.702847 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1807  NADH dehydrogenase subunit K  75.76 
 
 
100 aa  152  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.637688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1463  NADH dehydrogenase subunit K  75.76 
 
 
100 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1569  NADH dehydrogenase subunit K  75.76 
 
 
100 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1012  NADH dehydrogenase I, K subunit  72.55 
 
 
102 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2763  NADH dehydrogenase subunit K  72.73 
 
 
100 aa  150  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1501  NADH dehydrogenase subunit K  72.73 
 
 
100 aa  150  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2541  NADH dehydrogenase subunit K  73.74 
 
 
100 aa  148  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1403  NADH dehydrogenase subunit K  72.73 
 
 
100 aa  147  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186448  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2823  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  143  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.167717  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02204  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1378  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.110911  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1373  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.25258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02164  hypothetical protein  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.971424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2572  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2433  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3418  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2428  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2558  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0668631  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2547  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2503  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2665  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2655  NADH dehydrogenase subunit K  70.71 
 
 
100 aa  142  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2458  NADH dehydrogenase subunit K  71.72 
 
 
100 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1690  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  63.73 
 
 
124 aa  139  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1350  NADH dehydrogenase I, K subunit  58.82 
 
 
102 aa  131  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0593  NADH dehydrogenase I, K subunit  67.65 
 
 
135 aa  124  5e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0495543  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0582  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  67.65 
 
 
135 aa  124  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0916912  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1022  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  64.65 
 
 
115 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0372  NADH-quinone oxidoreductase, chain K  61.22 
 
 
100 aa  117  7e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1111  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  63.73 
 
 
102 aa  115  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.383646  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3816  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  47.52 
 
 
102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102397  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1118  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  58.82 
 
 
103 aa  105  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0167  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  48 
 
 
102 aa  92  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2869  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  44.32 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.680399  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0206  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  45.83 
 
 
102 aa  88.6  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.370737  normal  0.385791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0321  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  45 
 
 
102 aa  87  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0711  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  44.44 
 
 
106 aa  85.1  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00926088  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1356  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  51.72 
 
 
102 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156431  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4062  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  48.35 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.078452  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1335  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  49.43 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0878  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  36.36 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000174909  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1924  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.78 
 
 
100 aa  79  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.171281  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0191  NADH dehydrogenase subunit K  36.73 
 
 
101 aa  78.2  0.00000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4072  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  33.67 
 
 
109 aa  77  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.035212  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1039  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.35 
 
 
100 aa  76.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0477  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  40 
 
 
104 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.235495  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0213  NADH dehydrogenase I chain K  43.43 
 
 
101 aa  76.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0919  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  34.69 
 
 
100 aa  76.6  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0814  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  40.4 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3744  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  41.41 
 
 
110 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1658  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  40.4 
 
 
100 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.708964  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1818  NADH dehydrogenase subunit K  34.31 
 
 
102 aa  73.2  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000118979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  49.43 
 
 
102 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0754034  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1110  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  36.36 
 
 
101 aa  72.8  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0695  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.61 
 
 
100 aa  72.8  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0152  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.61 
 
 
102 aa  72  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0148  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.35 
 
 
100 aa  72.8  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000206273  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1607  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  44.09 
 
 
105 aa  72.4  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.267693  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3432  NADH dehydrogenase I, K subunit  46 
 
 
102 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.298613  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1159  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  37.63 
 
 
99 aa  72  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.61 
 
 
102 aa  72  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.840543  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0930  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, K subunit  39.39 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5943  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  33.67 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_801  NADH:quinone oxidoreductase subunit 11 or 4L (chain K)  39.39 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3248  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  37.37 
 
 
101 aa  71.2  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.798847  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1212  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  36.54 
 
 
106 aa  71.6  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0142409  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3629  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38.38 
 
 
100 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2617  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain K  34.69 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109952 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1101  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  36 
 
 
106 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.76385  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3812  NADH dehydrogenase subunit K  40.38 
 
 
104 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0671  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 11 or 4L (chain K)-like protein  45.98 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1306  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  33 
 
 
103 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2095  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  41.75 
 
 
108 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1057  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  41.11 
 
 
92 aa  70.1  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.722396  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0166  NADH-quinone oxidoreductase, k subunit  42.27 
 
 
102 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0709  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  59.09 
 
 
104 aa  68.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0894729  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2996  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  41.75 
 
 
108 aa  69.3  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.946753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1293  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  39.6 
 
 
101 aa  69.3  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3294  NADH dehydrogenase subunit K  40.78 
 
 
104 aa  68.6  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2204  NADH dehydrogenase subunit K  34.95 
 
 
103 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1881  NADH dehydrogenase subunit K  34.95 
 
 
103 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.60267 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01861  NADH dehydrogenase subunit K  44.12 
 
 
106 aa  68.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1152  NADH dehydrogenase subunit K  34 
 
 
101 aa  68.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5091  NADH dehydrogenase subunit K  39.42 
 
 
104 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3867  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  39.08 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2049  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  38 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1540  NADH dehydrogenase subunit K  36.84 
 
 
99 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0449834  normal  0.109303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>