39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0417 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4420  transposase, OrfB  91.32 
 
 		 810 bp  1035    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0417    100 
 
 		 809 bp  1604    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3044  ISPsy12, transposase OrfB  81.63 
 
 		 846 bp  244  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4696  ISPsy13, transposase OrfB  80.13 
 
 		 1290 bp  184  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2983    79.96 
 
 		 615 bp  178  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6036  ISSod1 transposase  82.97 
 
 		 819 bp  115  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4796  hypothetical protein  82.23 
 
 		 828 bp  113  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4428  ISPsy24 transposase OrfB  82.23 
 
 		 912 bp  113  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4697  hypothetical protein  81.73 
 
 		 828 bp  105  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.644454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4229  hypothetical protein  81.73 
 
 		 828 bp  105  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2834  hypothetical protein  81.73 
 
 		 828 bp  105  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2525  hypothetical protein  81.73 
 
 		 828 bp  105  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2390  hypothetical protein  81.73 
 
 		 828 bp  105  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03300  hypothetical protein  81.22 
 
 		 846 bp  97.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000317239  unclonable  8.68151e-22 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51630  transposase  81.22 
 
 		 846 bp  97.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000258356  hitchhiker  0.0000489027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2585  putative transposase  85.39 
 
 		 243 bp  73.8  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.199145 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2313  transposase  85.39 
 
 		 855 bp  73.8  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.471731 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3231    78.14 
 
 		 288 bp  61.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.441915 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4930    78.14 
 
 		 746 bp  61.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3229  transposase, truncation  78.14 
 
 		 315 bp  61.9  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0093  integrase, putative  78.14 
 
 		 315 bp  61.9  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.638996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3830  integrase catalytic subunit  83.53 
 
 		 735 bp  58  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000883771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0652  integrase catalytic subunit  83.53 
 
 		 783 bp  58  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.834926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4608  integrase catalytic subunit  83.53 
 
 		 783 bp  58  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0988  integrase catalytic subunit  83.53 
 
 		 783 bp  58  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3841  integrase catalytic subunit  89.58 
 
 		 834 bp  56  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3082  integrase catalytic region  88.46 
 
 		 834 bp  56  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.217247  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2947    88.46 
 
 		 1052 bp  56  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0276  integrase catalytic subunit  89.58 
 
 		 834 bp  56  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0738  integrase catalytic subunit  89.58 
 
 		 834 bp  56  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4254    77.99 
 
 		 2279 bp  54  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000923948 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  92.31 
 
 		 846 bp  54  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28870  hypothetical protein  94.12 
 
 		 297 bp  52  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000145235  decreased coverage  0.000000000168739 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  93.94 
 
 		 804 bp  50.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  93.94 
 
 		 804 bp  50.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  93.94 
 
 		 810 bp  50.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4467    87.76 
 
 		 2251 bp  50.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  91.89 
 
 		 891 bp  50.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  91.89 
 
 		 891 bp  50.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>