179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2001 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2001  hypothetical protein  100 
 
 		 141 aa  292  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2917  hypothetical protein  68.38 
 
 		 137 aa  201  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0673011  normal  0.0896051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1512  hypothetical protein  67.65 
 
 		 137 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0164  hypothetical protein  67.65 
 
 		 141 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.458723 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3206  hypothetical protein  66.91 
 
 		 141 aa  193  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162762  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2832  hypothetical protein  63.57 
 
 		 140 aa  192  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1891  hypothetical protein  63.97 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1819  hypothetical protein  63.97 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0710947  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4077  hypothetical protein  62.5 
 
 		 137 aa  187  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0060  hypothetical protein  63.24 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3412  protein of unknown function DUF55  61.76 
 
 		 139 aa  181  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0971  hypothetical protein  61.76 
 
 		 144 aa  180  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1136  protein of unknown function DUF55  55.88 
 
 		 137 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115295  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2173  hypothetical protein  58.09 
 
 		 137 aa  168  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0472  hypothetical protein  55.15 
 
 		 137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.904612  normal  0.134048 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1341  hypothetical protein  56.43 
 
 		 141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3695  protein of unknown function DUF55  56.2 
 
 		 143 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0291  hypothetical protein  54.41 
 
 		 137 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4016  protein of unknown function DUF55  56.2 
 
 		 143 aa  161  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2962  hypothetical protein  56.2 
 
 		 143 aa  161  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.481941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0742  protein of unknown function DUF55  55.88 
 
 		 140 aa  160  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.274906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0729  hypothetical protein  55.88 
 
 		 140 aa  160  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.580961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0702  protein of unknown function DUF55  56.62 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0254  protein of unknown function DUF55  53.68 
 
 		 137 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.049773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2937  protein of unknown function DUF55  55.15 
 
 		 138 aa  158  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.362763 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0468  hypothetical protein  52.94 
 
 		 137 aa  157  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0317  hypothetical protein  52.94 
 
 		 137 aa  157  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0926  protein of unknown function DUF55  55.88 
 
 		 139 aa  157  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0545212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0559  hypothetical protein  52.94 
 
 		 137 aa  157  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1108  hypothetical protein  54.41 
 
 		 163 aa  157  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1748  hypothetical protein  54.41 
 
 		 138 aa  156  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0082  hypothetical protein  55.15 
 
 		 135 aa  154  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0544653 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4141  hypothetical protein  54.01 
 
 		 143 aa  154  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0044  hypothetical protein  50.74 
 
 		 137 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3218  hypothetical protein  53.33 
 
 		 144 aa  149  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2850  hypothetical protein  52.94 
 
 		 137 aa  149  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2363  hypothetical protein  51.33 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2275  hypothetical protein  49.03 
 
 		 163 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3446  hypothetical protein  48.39 
 
 		 156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271189  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0815  hypothetical protein  50 
 
 		 160 aa  136  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.422094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1573  hypothetical protein  46.41 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000165437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3212  hypothetical protein  46.75 
 
 		 156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0266  protein of unknown function DUF55  47.33 
 
 		 173 aa  134  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.252089  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0251  protein of unknown function DUF55  46.67 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5451  protein of unknown function DUF55  46.67 
 
 		 137 aa  131  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.794452 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1261  protein of unknown function DUF55  48.15 
 
 		 139 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.673781 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3975  protein of unknown function DUF55  47.4 
 
 		 154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.644317  normal  0.0207421 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2738  protein of unknown function DUF55  46.05 
 
 		 154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.10704  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1331  hypothetical protein  47.37 
 
 		 147 aa  130  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00023234  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0509  hypothetical protein  46.36 
 
 		 152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000393887  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1642  hypothetical protein  46.36 
 
 		 152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.18563e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1217  protein of unknown function DUF55  48.89 
 
 		 137 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.02485  hitchhiker  0.000132613 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1969  hypothetical protein  47.37 
 
 		 153 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2287  hypothetical protein  48.03 
 
 		 153 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2359  hypothetical protein  48.03 
 
 		 153 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000352986  normal  0.137051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2477  hypothetical protein  48.03 
 
 		 153 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0301106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3573  hypothetical protein  47.79 
 
 		 135 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.612442  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1041  hypothetical protein  50.75 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1677  hypothetical protein  46.71 
 
 		 153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2770  protein of unknown function DUF55  49.34 
 
 		 152 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0051852  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1357  hypothetical protein  44.37 
 
 		 155 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000263938  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0353  hypothetical protein  48.34 
 
 		 152 aa  124  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2609  hypothetical protein  48.03 
 
 		 153 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2983  protein of unknown function DUF55  44.59 
 
 		 155 aa  123  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.394198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2115  hypothetical protein  43.18 
 
 		 138 aa  121  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.596924 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1312  hypothetical protein  45.45 
 
 		 165 aa  121  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.29751e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2723  hypothetical protein  47.37 
 
 		 153 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.218147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1737  protein of unknown function DUF55  47.37 
 
 		 153 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2648  hypothetical protein  47.37 
 
 		 153 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2222  protein of unknown function DUF55  42.45 
 
 		 147 aa  120  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.155182 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1180  hypothetical protein  42.86 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0037  hypothetical protein  43.05 
 
 		 157 aa  118  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2537  hypothetical protein  45.39 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.954602  normal  0.0651387 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0064  protein of unknown function DUF55  46.67 
 
 		 146 aa  117  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.956582  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0319  hypothetical protein  45.33 
 
 		 149 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0076  protein of unknown function DUF55  46.67 
 
 		 146 aa  117  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0059  hypothetical protein  46.67 
 
 		 154 aa  116  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2196  hypothetical protein  40.13 
 
 		 150 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0061  hypothetical protein  45.93 
 
 		 146 aa  116  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.177861  normal  0.0759985 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1853  protein of unknown function DUF55  40.13 
 
 		 150 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.890211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2907  hypothetical protein  44.83 
 
 		 152 aa  115  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0242  protein of unknown function DUF55  39.85 
 
 		 138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0087907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2368  hypothetical protein  41.04 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.864843  normal  0.24311 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0697  protein of unknown function DUF55  45.64 
 
 		 155 aa  112  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0781  protein of unknown function DUF55  46.71 
 
 		 154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0209669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0315  hypothetical protein  44 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.45236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0705  hypothetical protein  42.22 
 
 		 133 aa  110  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3142  hypothetical protein  43.33 
 
 		 152 aa  110  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0126  hypothetical protein  43.05 
 
 		 152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5266  hypothetical protein  43.33 
 
 		 153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2489  hypothetical protein  41.04 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0016498  normal  0.0588103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5205  hypothetical protein  43.33 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0724  hypothetical protein  39.26 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.142066  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01784  hypothetical protein  39.74 
 
 		 182 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.280348  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00302  hypothetical protein  43.71 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5031  hypothetical protein  42.38 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02383  hypothetical protein  44.37 
 
 		 156 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1317  hypothetical protein  42.96 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.559236  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2323  hypothetical protein  39.47 
 
 		 155 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.300007  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5972  hypothetical protein  44.97 
 
 		 152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>