69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0818 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0818  hemimethylated DNA binding protein  100 
 
 		 110 aa  228  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0148  hemimethylated DNA binding protein  77.67 
 
 		 121 aa  176  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.195173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1498  hypothetical protein  77.67 
 
 		 121 aa  176  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2903  hemimethylated DNA binding protein  76.7 
 
 		 121 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815336  normal  0.520638 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0063  hemimethylated DNA-binding region  78.64 
 
 		 108 aa  173  7e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0304812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0432  hemimethylated DNA-binding protein  67.96 
 
 		 108 aa  163  5.9999999999999996e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0070  hemimethylated DNA binding protein  69.9 
 
 		 108 aa  162  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195677 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0574  hypothetical protein  68.32 
 
 		 112 aa  151  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0540  hemimethylated DNA-binding region  67.33 
 
 		 112 aa  149  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3636  hemimethylated DNA binding protein  68.32 
 
 		 112 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.924166  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1697  hemimethylated DNA binding protein  66.33 
 
 		 110 aa  144  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4391  hemimethylated DNA binding protein  64.08 
 
 		 112 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0778039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2230  hemimethylated DNA binding protein  60.4 
 
 		 109 aa  142  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3918  hemimethylated DNA binding protein  64.36 
 
 		 124 aa  140  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.367378 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3096  hemimethylated DNA binding protein  60.78 
 
 		 110 aa  140  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.59059  normal  0.175392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4286  hemimethylated DNA binding protein  64.36 
 
 		 112 aa  140  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0100345  normal  0.0614231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2192  hemimethylated DNA binding protein  59.62 
 
 		 109 aa  139  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.623314 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2209  hemimethylated DNA binding protein  61.76 
 
 		 109 aa  137  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.034915  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2944  hemimethylated DNA binding protein  61.39 
 
 		 110 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2478  hemimethylated DNA-binding region protein  58.88 
 
 		 126 aa  137  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1169  hemimethylated DNA binding protein  62.75 
 
 		 111 aa  137  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959294  normal  0.390056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4151  hypothetical protein  60.4 
 
 		 110 aa  134  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0864321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2364  hemimethylated DNA-binding region  62.24 
 
 		 109 aa  133  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.792723  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2627  hemimethylated DNA-binding region  60.4 
 
 		 110 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.255241  decreased coverage  0.0000297322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2615  hemimethylated DNA-binding region  58.42 
 
 		 110 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0856526  normal  0.609835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2845  hemimethylated DNA-binding region  60.4 
 
 		 110 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3890  hemimethylated DNA binding protein  58.65 
 
 		 130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.886422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1655  hemimethylated DNA binding protein  59.62 
 
 		 112 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.152699 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7179  hemimethylated DNA binding protein  65.56 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.334825  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2374  hypothetical protein  57.94 
 
 		 125 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.182653  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1508  hemimethylated DNA-binding region  57.58 
 
 		 114 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1390  hemimethylated DNA binding protein  57.43 
 
 		 109 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340572  normal  0.9346 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1735  hemimethylated DNA binding protein  59.18 
 
 		 109 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1919  hemimethylated DNA binding protein  59.18 
 
 		 109 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2048  hemimethylated DNA-binding region  57.58 
 
 		 110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.257599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6314  hemimethylated DNA binding protein  61.29 
 
 		 115 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.627712  hitchhiker  0.00705419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1096  hemimethylated DNA-binding region  55.21 
 
 		 124 aa  120  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3869  hemimethylated DNA binding protein  54.81 
 
 		 107 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5916  hypothetical protein  52.08 
 
 		 108 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2926  hemimethylated DNA-binding region  40.95 
 
 		 103 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496533  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0868  hemimethylated DNA-binding region  41.35 
 
 		 105 aa  84  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.540518  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1222  hemimethylated DNA binding protein  34.34 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.172768 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2998  hypothetical protein  33.71 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2859  hypothetical protein  33.71 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09059  conserved hypothetical protein  35.9 
 
 		 477 aa  52.4  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.734832  hitchhiker  0.000000360431 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2540  heat shock protein HspQ  32.95 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0223653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1218  heat shock protein HspQ  29.47 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2849  heat shock protein HspQ  29.55 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0501717  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0412  heat shock protein HspQ  36.47 
 
 		 105 aa  47  0.00008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.345183  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2689  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1478  heat shock protein HspQ  34.31 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2532  heat shock protein HspQ  30.39 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3208  heat shock protein HspQ  30.39 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.015468  normal  0.0185352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2621  heat shock protein HspQ  30.39 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1763  heat shock protein HspQ  32.35 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0679571  hitchhiker  0.000554392 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1120  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000870055 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1188  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.779297  normal  0.810515 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1142  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.481268 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1037  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1154  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.403782  normal  0.968982 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1075  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000253842  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00977  hypothetical protein  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1131  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.900818  normal  0.318941 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2349  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2152  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174968  normal  0.392928 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2630  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15523  hitchhiker  0.0000174059 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1081  heat shock protein HspQ  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000267453  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2677  hemimethylated DNA binding protein  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116321  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00970  DNA-binding protein, hemimethylated  29.21 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>