62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2903 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2903  hemimethylated DNA binding protein  100 
 
 		 121 aa  252  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815336  normal  0.520638 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0148  hemimethylated DNA binding protein  95.04 
 
 		 121 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.195173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1498  hypothetical protein  95.04 
 
 		 121 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0432  hemimethylated DNA-binding protein  75 
 
 		 108 aa  185  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0063  hemimethylated DNA-binding region  75.93 
 
 		 108 aa  177  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0304812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0070  hemimethylated DNA binding protein  75.93 
 
 		 108 aa  177  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195677 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0818  hemimethylated DNA binding protein  76.7 
 
 		 110 aa  174  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2364  hemimethylated DNA-binding region  66.34 
 
 		 109 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.792723  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3096  hemimethylated DNA binding protein  62.14 
 
 		 110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.59059  normal  0.175392 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1697  hemimethylated DNA binding protein  67 
 
 		 110 aa  143  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3636  hemimethylated DNA binding protein  64.36 
 
 		 112 aa  143  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.924166  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2944  hemimethylated DNA binding protein  64.71 
 
 		 110 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2209  hemimethylated DNA binding protein  61.54 
 
 		 109 aa  140  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.034915  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0574  hypothetical protein  62.38 
 
 		 112 aa  140  8e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2230  hemimethylated DNA binding protein  59.6 
 
 		 109 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299486 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1169  hemimethylated DNA binding protein  63.46 
 
 		 111 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959294  normal  0.390056 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0540  hemimethylated DNA-binding region  61.39 
 
 		 112 aa  138  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2627  hemimethylated DNA-binding region  62.75 
 
 		 110 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.255241  decreased coverage  0.0000297322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4151  hypothetical protein  61.76 
 
 		 110 aa  136  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0864321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2845  hemimethylated DNA-binding region  62.75 
 
 		 110 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7179  hemimethylated DNA binding protein  67.42 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.334825  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2192  hemimethylated DNA binding protein  57.69 
 
 		 109 aa  135  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.623314 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2615  hemimethylated DNA-binding region  59.8 
 
 		 110 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0856526  normal  0.609835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3918  hemimethylated DNA binding protein  63.64 
 
 		 124 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.367378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4286  hemimethylated DNA binding protein  63.64 
 
 		 112 aa  134  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0100345  normal  0.0614231 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4391  hemimethylated DNA binding protein  63 
 
 		 112 aa  133  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0778039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1508  hemimethylated DNA-binding region  59.38 
 
 		 114 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1655  hemimethylated DNA binding protein  58.1 
 
 		 112 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.152699 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3890  hemimethylated DNA binding protein  58.42 
 
 		 130 aa  131  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.886422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2478  hemimethylated DNA-binding region protein  57.43 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1390  hemimethylated DNA binding protein  59.41 
 
 		 109 aa  131  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.340572  normal  0.9346 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2048  hemimethylated DNA-binding region  59.38 
 
 		 110 aa  131  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.257599  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2374  hypothetical protein  56.6 
 
 		 125 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.182653  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1735  hemimethylated DNA binding protein  54.21 
 
 		 109 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1919  hemimethylated DNA binding protein  54.21 
 
 		 109 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6314  hemimethylated DNA binding protein  64.77 
 
 		 115 aa  130  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.627712  hitchhiker  0.00705419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1096  hemimethylated DNA-binding region  55 
 
 		 124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3869  hemimethylated DNA binding protein  65.52 
 
 		 107 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5916  hypothetical protein  56.44 
 
 		 108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2926  hemimethylated DNA-binding region  41.9 
 
 		 103 aa  89.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496533  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0868  hemimethylated DNA-binding region  37.96 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.540518  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1222  hemimethylated DNA binding protein  36.46 
 
 		 106 aa  82  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.172768 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2998  hypothetical protein  30.95 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2859  hypothetical protein  30.95 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09059  conserved hypothetical protein  32.05 
 
 		 477 aa  49.7  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.734832  hitchhiker  0.000000360431 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2540  heat shock protein HspQ  32.95 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0223653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1218  heat shock protein HspQ  29.35 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2849  heat shock protein HspQ  29.55 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0501717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2689  heat shock protein HspQ  30.34 
 
 		 102 aa  44.3  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3208  heat shock protein HspQ  31 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.015468  normal  0.0185352 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2532  heat shock protein HspQ  31 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2621  heat shock protein HspQ  31 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0412  heat shock protein HspQ  32.95 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.345183  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2152  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174968  normal  0.392928 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2349  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00977  hypothetical protein  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00970  DNA-binding protein, hemimethylated  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2677  hemimethylated DNA binding protein  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2630  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15523  hitchhiker  0.0000174059 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1075  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000253842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1131  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.900818  normal  0.318941 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1081  heat shock protein HspQ  32.22 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000267453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>