18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4408 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4408    100 
 
 		 856 bp  1697    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0371038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3673    95.21 
 
 		 500 bp  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3674    95.52 
 
 		 357 bp  581  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2347  transposase IS4 family protein  89.57 
 
 		 441 bp  509  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2346  ISPs1, transposase OrfA  91.6 
 
 		 381 bp  494  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4169  hypothetical protein  84.92 
 
 		 432 bp  220  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000158064  normal  0.161569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4696  ISPsy13, transposase OrfB  86.03 
 
 		 1290 bp  111  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3219  hypothetical protein  91.25 
 
 		 126 bp  103  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4329  ISPs1, transposase OrfA  90.12 
 
 		 369 bp  97.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4818  ISPs1, transposase OrfA  92.54 
 
 		 369 bp  93.7  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.886393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4824  ISPs1, transposase OrfA  92.54 
 
 		 369 bp  93.7  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0014    88.37 
 
 		 357 bp  91.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5629  insertion sequence, putative  83.82 
 
 		 735 bp  87.7  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4817  transposase IS4 family protein  87.65 
 
 		 438 bp  81.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.943177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4825  transposase IS4 family protein  87.65 
 
 		 438 bp  81.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4328  ISPs1, transposase OrfB  86.11 
 
 		 438 bp  63.9  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3222  hypothetical protein  85.48 
 
 		 216 bp  52  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1516  hypothetical protein  100 
 
 		 642 bp  48.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000028039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>