214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4213 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4213  dipeptidase, putative  100 
 
 		 462 aa  947    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2156  renal dipeptidase family protein  73.03 
 
 		 447 aa  689    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0303403  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1966  peptidase M19, renal dipeptidase  74.49 
 
 		 464 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0692763  normal  0.528034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1853  peptidase M19, renal dipeptidase  69.84 
 
 		 456 aa  653    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1643  peptidase M19, renal dipeptidase  79.96 
 
 		 472 aa  745    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33730  putative dipeptidase precursor  68.9 
 
 		 448 aa  642    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.180184  hitchhiker  0.00270503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3785  peptidase M19 renal dipeptidase  79.19 
 
 		 448 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3537  peptidase M19 renal dipeptidase  70.47 
 
 		 450 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2866  putative dipeptidase precursor  68.23 
 
 		 448 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25440  Peptidase M19, renal dipeptidase.PvdM-like protein  63.28 
 
 		 423 aa  561  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3582  peptidase M19, renal dipeptidase  45.23 
 
 		 431 aa  352  7e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.706232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3591  membrane dipeptidase  36.79 
 
 		 428 aa  230  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6456  Membrane dipeptidase  34.47 
 
 		 402 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11333  dipeptidase  30.66 
 
 		 439 aa  209  6e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2131  Membrane dipeptidase  30.71 
 
 		 338 aa  195  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.248358  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3086  membrane dipeptidase  34.28 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3875  membrane dipeptidase  32.76 
 
 		 449 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2542  membrane dipeptidase  31.74 
 
 		 405 aa  183  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.51564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0827  Membrane dipeptidase  31.09 
 
 		 399 aa  176  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1459  peptidase M19, renal dipeptidase  31.71 
 
 		 392 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0893597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03672  dipeptidase  30.15 
 
 		 409 aa  173  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1701  glutamine amidotransferase, class II/dipeptidase  29.32 
 
 		 602 aa  161  2e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.176176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3688  membrane dipeptidase  28.47 
 
 		 399 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.083911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0941  peptidase M19, renal dipeptidase  28.79 
 
 		 412 aa  154  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.118584  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0331  Membrane dipeptidase  30.36 
 
 		 444 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4032  Membrane dipeptidase  31.08 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.771689  normal  0.591323 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5836  Membrane dipeptidase  29.19 
 
 		 444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2447  Membrane dipeptidase  28.12 
 
 		 394 aa  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0392137  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2579  membrane dipeptidase  27.79 
 
 		 429 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2434  Membrane dipeptidase  26.02 
 
 		 381 aa  139  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.911642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3872  Membrane dipeptidase  30.53 
 
 		 412 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1550  Membrane dipeptidase  27.23 
 
 		 388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3815  membrane dipeptidase  32.36 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18060  Zn-dependent dipeptidase, microsomal dipeptidase  28.25 
 
 		 433 aa  123  5e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000416179  normal  0.24272 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3959  Membrane dipeptidase  31.82 
 
 		 412 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.651593  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2312  membrane dipeptidase  26.6 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2477  Membrane dipeptidase  26.92 
 
 		 438 aa  120  3.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.533309  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0834  Membrane dipeptidase  28.44 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03501  dipeptidase  29.21 
 
 		 444 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1837  Membrane dipeptidase  26.2 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.36005  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6121  Membrane dipeptidase  28.29 
 
 		 402 aa  110  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1494  membrane dipeptidase  27.27 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05890  conserved hypothetical protein  27.23 
 
 		 433 aa  109  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0805  membrane dipeptidase  27.08 
 
 		 420 aa  108  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5916  dipeptidase  27.76 
 
 		 344 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3097  Membrane dipeptidase  26.47 
 
 		 333 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0690607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2327  peptidase M19 renal dipeptidase  26.35 
 
 		 353 aa  97.8  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140494  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0779  Membrane dipeptidase  20.77 
 
 		 317 aa  97.8  4e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3437  membrane dipeptidase  24.01 
 
 		 323 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3742  peptidase M19 renal dipeptidase  26.37 
 
 		 346 aa  97.1  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1907  peptidase M19 renal dipeptidase  28.01 
 
 		 352 aa  96.7  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4181  peptidase M19 renal dipeptidase  26.96 
 
 		 352 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.351187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0756  thermostable dipeptidase  26.76 
 
 		 311 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3853  peptidase M19 renal dipeptidase  26.96 
 
 		 352 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0651  Membrane dipeptidase  25.9 
 
 		 419 aa  94  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.720054  normal  0.102026 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00224  membrane dipeptidase GliJ (AFU_orthologue; AFUA_6G09650)  25.61 
 
 		 415 aa  93.6  6e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152892  normal  0.499822 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0654  renal dipeptidase family protein  26.55 
 
 		 346 aa  93.6  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0081  peptidase M19, renal dipeptidase  27.91 
 
 		 327 aa  93.6  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2882  peptidase M19, renal dipeptidase  26.5 
 
 		 377 aa  93.6  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756766  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0616  renal dipeptidase family protein  26.55 
 
 		 346 aa  93.2  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3302  membrane dipeptidase  22.42 
 
 		 323 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.347896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0134  Membrane dipeptidase  25.74 
 
 		 355 aa  92.8  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3889  dipeptidase  27.4 
 
 		 350 aa  92.4  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741978  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1472  Membrane dipeptidase  24.93 
 
 		 307 aa  92.4  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0377  membrane dipeptidase  26.6 
 
 		 355 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1584  membrane dipeptidase  22.94 
 
 		 323 aa  91.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1847  peptidase M19, renal dipeptidase  25.95 
 
 		 357 aa  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1915  membrane dipeptidase  27.54 
 
 		 313 aa  91.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0802  dipeptidase AC  24.68 
 
 		 355 aa  90.5  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3100  Membrane dipeptidase  25.64 
 
 		 315 aa  90.5  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119053  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2460  peptidase M19, renal dipeptidase  24.68 
 
 		 355 aa  90.1  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.133769 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4821  membrane dipeptidase  23.24 
 
 		 323 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3547  membrane dipeptidase  23.28 
 
 		 323 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1009  membrane dipeptidase  24.38 
 
 		 311 aa  87.8  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4899  membrane dipeptidase  23.28 
 
 		 325 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195029  normal  0.655649 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3284  membrane dipeptidase  23.85 
 
 		 323 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0331  membrane dipeptidase  23.28 
 
 		 325 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5084  membrane dipeptidase  23.85 
 
 		 323 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0308  membrane dipeptidase  23.26 
 
 		 325 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278532 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0329  membrane dipeptidase  23.26 
 
 		 325 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.371464  normal  0.432124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0497  membrane dipeptidase  23.28 
 
 		 325 aa  87  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5201  membrane dipeptidase  23.85 
 
 		 323 aa  87  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5021  membrane dipeptidase  23.81 
 
 		 323 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4496  membrane dipeptidase  23.81 
 
 		 323 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5064  Membrane dipeptidase  22.02 
 
 		 323 aa  86.7  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.0155477 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1867  renal dipeptidase family protein  22.42 
 
 		 323 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09650  Membrane dipeptidase  33.75 
 
 		 315 aa  86.3  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0386  Membrane dipeptidase  26.48 
 
 		 342 aa  85.9  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02031  putative dipeptidase protein  23.6 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.237279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4784  peptidase M19, renal dipeptidase  23.26 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5225  peptidase M19, renal dipeptidase  22.99 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.511272  normal  0.0279561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0988  peptidase M19, renal dipeptidase  23.7 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3994  Membrane dipeptidase  24.46 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6819  Membrane dipeptidase  27.09 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.714223  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2726  membrane dipeptidase  23.16 
 
 		 325 aa  84.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.147057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5702  Membrane dipeptidase  27.4 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1478  Membrane dipeptidase  26.59 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000344928  normal  0.899515 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0572  membrane dipeptidase  22.94 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0026  Membrane dipeptidase  25.59 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6182  hypothetical protein  22.99 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>