32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1387 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1785  hypothetical protein  94.42 
 
 		 465 aa  835    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1387  YHS domain protein  100 
 
 		 466 aa  949    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2249  YHS domain-containing protein  63.95 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2134  YHS domain-containing protein  63.95 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.129693 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2139  YHS domain-containing protein  63.95 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2807  YHS  41.64 
 
 		 489 aa  254  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1168  conserved hypothetical integral membrane protein (YHS domain protein)  28.94 
 
 		 473 aa  213  5.999999999999999e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.657748  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0448  integral membrane protein  29.79 
 
 		 476 aa  206  6e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.215453  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1651  hypothetical protein  34.25 
 
 		 467 aa  204  3e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0431  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA(glucose-inhibited division protein A)  31.99 
 
 		 455 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00706476  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1832  hypothetical protein  33.9 
 
 		 467 aa  200  5e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0526  integral membrane protein  32.38 
 
 		 454 aa  196  1e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0035517  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0765  hypothetical protein  29.04 
 
 		 459 aa  191  2e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.277412  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2020  hypothetical protein  34.02 
 
 		 466 aa  192  2e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.413086  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0162  hypothetical protein  30.92 
 
 		 423 aa  93.2  9e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.95694 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1512  hypothetical protein  31.94 
 
 		 422 aa  92.4  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.300863  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1253  hypothetical protein  29 
 
 		 425 aa  92  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.387075  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1870  iron permease FTR1  28.81 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3547  membrane protein-like protein  32.22 
 
 		 448 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0915  membrane protein-like protein  32.05 
 
 		 191 aa  71.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1554  hypothetical protein  32.82 
 
 		 177 aa  67  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3642  hypothetical protein  35.83 
 
 		 154 aa  67  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0068  hypothetical protein  35.29 
 
 		 152 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1096  hypothetical protein  33.85 
 
 		 157 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3166  hypothetical protein  37.86 
 
 		 157 aa  61.6  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2064  hypothetical protein  36.27 
 
 		 153 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2104  membrane protein-like protein  30.77 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00119024  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1339  hypothetical protein  33.33 
 
 		 158 aa  56.2  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.23161  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2883  membrane protein-like protein  31.67 
 
 		 151 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000154879 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0546  membrane protein-like protein  27.95 
 
 		 145 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0056  copper-transporting P-type ATPase  43.75 
 
 		 804 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4589  heavy metal translocating P-type ATPase  38.98 
 
 		 1020 aa  45.1  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.020179  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>