18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1862 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_1862  DNA-directed RNA polymerase, subunit L  100 
 
 		 90 aa  179  2e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.794833 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1268  RNA polymerase dimerization  54.55 
 
 		 92 aa  110  6e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04269  DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11a, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G03860)  42.47 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00540677 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35735  predicted protein  34.15 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0691994  normal  0.967834 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62535  RNA polymerase II core subunit  35.56 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.185842  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02280  DNA-directed RNA polymerase ii 13.3 kda polypeptide, putative  39.39 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.17103  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0692  RNA polymerase dimerisation  36.36 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.202688  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1412  DNA-directed RNA polymerase, subunit L  34.41 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1264  RNA polymerase dimerisation  34.41 
 
 		 96 aa  50.8  0.000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.818462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0364  Fis family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 101 aa  50.8  0.000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47430  predicted protein  36.36 
 
 		 125 aa  50.1  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_65363  RNA polymerase I and III subunit  33.33 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.285306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1793  RNA polymerase dimerization  34.78 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3577  RNA polymerase dimerization  35.8 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.656265  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30435  predicted protein  36.54 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.129131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1274  RNA polymerase dimerisation  30.11 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.943087  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1637  DNA-directed RNA polymerase, subunit L  31.76 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1961  RNA polymerase dimerisation  35.62 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>