More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4085 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4085  Ribonuclease H  100 
 
 		 153 aa  307  4e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.82674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  56.94 
 
 		 150 aa  157  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  55.07 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  54.35 
 
 		 153 aa  154  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  50.36 
 
 		 163 aa  150  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  56.52 
 
 		 145 aa  150  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  54.41 
 
 		 150 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  54.41 
 
 		 150 aa  148  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  53.28 
 
 		 153 aa  148  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  52.48 
 
 		 153 aa  148  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  56.55 
 
 		 154 aa  148  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  54.01 
 
 		 148 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  55.15 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  52.52 
 
 		 150 aa  147  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  52.45 
 
 		 155 aa  147  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  53.28 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  53.96 
 
 		 154 aa  147  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  52.52 
 
 		 154 aa  145  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  52.52 
 
 		 154 aa  145  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  54.35 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  52.45 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  52.52 
 
 		 154 aa  145  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  51.66 
 
 		 152 aa  145  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  53.68 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  53.68 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  55.4 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  51.97 
 
 		 151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  53.68 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  52.74 
 
 		 151 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  47.97 
 
 		 157 aa  144  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  56.16 
 
 		 149 aa  144  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  144  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  51.41 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  54.68 
 
 		 154 aa  144  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  52.9 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  51.41 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  51.41 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  51.41 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  51.41 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  55.4 
 
 		 148 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  51.05 
 
 		 154 aa  143  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  55.73 
 
 		 146 aa  143  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  52.9 
 
 		 151 aa  143  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  51.82 
 
 		 154 aa  142  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  55.8 
 
 		 152 aa  143  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  48.61 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  51.32 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  56.2 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  52.9 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  52.9 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.2 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  52.21 
 
 		 148 aa  141  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  48.61 
 
 		 154 aa  141  3e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  48.95 
 
 		 154 aa  141  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  55.4 
 
 		 151 aa  141  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  51.8 
 
 		 148 aa  141  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  54.48 
 
 		 162 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  53.96 
 
 		 164 aa  140  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  54.68 
 
 		 151 aa  140  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  49.65 
 
 		 154 aa  140  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  53.57 
 
 		 154 aa  140  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  53.57 
 
 		 154 aa  140  9e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  50.68 
 
 		 161 aa  140  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  52.9 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  48.25 
 
 		 154 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  51.45 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  53.62 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  51.35 
 
 		 157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  52.55 
 
 		 153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  49.64 
 
 		 163 aa  138  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  53.62 
 
 		 150 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  48.95 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  51.39 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  50.68 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  49.28 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  50 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  48.2 
 
 		 156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  50.36 
 
 		 148 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  52.94 
 
 		 153 aa  137  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  52.08 
 
 		 160 aa  137  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  44.59 
 
 		 269 aa  137  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  49.66 
 
 		 152 aa  137  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  50.35 
 
 		 143 aa  136  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  52.86 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  53.96 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  53.96 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>