148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_t0199 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_t0199  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0105  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlyVIMSS1309072  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlyVIMSS1309123  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.658382  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t17  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.610036  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  92.11 
 
 		 141 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 66 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.926314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0001  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0001  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0149399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309271  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0007  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.864337  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309207  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000435638  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000447795  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000022788  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309383  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120568 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>