143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA61 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  98.59 
 
 		 71 bp  133  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0056  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869004  normal  0.328325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1569  tRNA-Gly  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1604  tRNA-Gly  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t55  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.304327  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0199  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5686  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000717996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5710  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000586267  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0296207  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000228413  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  2.7190299999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000386935  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000014568  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00371423  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0619  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.152759  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000188578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000146044  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5794  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0545  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.3943e-45 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4757  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000781489  hitchhiker  6.01027e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0637  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000118673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5721  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.293736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0066  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000867267  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4618  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000037531  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0089  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0140643  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0117  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000414108  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4567  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0093  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778252  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0121  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000324083  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5666  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000047392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5715  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.201708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000161522  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00298104  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000508685  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000140083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0229  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000723342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000743602  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0660742  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0016  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.598458 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5802  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00821355  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5042  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0279  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0301  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000859433  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0053  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000840189  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0122  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0177171  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0053  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000226275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0126  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.876495  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5674  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000102685  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>