44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1266 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1266  PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit  100 
 
 		 89 aa  177  4.999999999999999e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0104211 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0490  penitol PTS system enzyem IIB component  45.78 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1409  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  37.93 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661644  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0502  PTS system, lactose/cellobiose-specific IIB component  44.58 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.191208  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2490  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  39.33 
 
 		 89 aa  62  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.206391  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2932  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  36.78 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2663  sugar phosphotransferase component II B  32.56 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.168546  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2010  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  34.88 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000312148  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1814  PTS system, IIB component  37.21 
 
 		 92 aa  53.9  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2982  PTS system, lactose/cellobiose specific IIB subunit  32.56 
 
 		 89 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000466045  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3367  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  29.55 
 
 		 89 aa  48.9  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2056  phosphotransferase system, lactose/cellobiose-specific IIB subunit  34.18 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.615056  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0143  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  34.78 
 
 		 92 aa  47  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.152358  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1547  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  30.95 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00223211  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0343  PTS system lactose/cellobiose-specific transporter subunit IIB  30.95 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000259876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1438  PTS system, lactose/cellobiose specific IIB subunit  30.95 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000114566  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3189  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  30.49 
 
 		 90 aa  47  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.728848  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2529  PTS system lactose/cellobiose-specific transporter subunit IIB  27.27 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0712535  normal  0.400159 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2692  PTS system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  27.27 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.621712 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2584  PTS system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  27.27 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.267294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2572  phosphotransferase system, lactose/cellobiose-specific IIB subunit  27.27 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0697836  normal  0.670538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2484  phosphotransferase system, lactose/cellobiose-specific IIB subunit  27.27 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000665706  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1149  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  31.94 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3549  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  31.65 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0239  phosphotransferase system, lactose/cellobiose-specific IIB subunit  29.27 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000772  hypothetical protein  40 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2845  phosphotransferase system, lactose/cellobiose-specific IIB subunit  25 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0026966  normal  0.681011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0989  putative inner membrane protein  32.18 
 
 		 106 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0209  phosphotransferase system lactose/cellobiose- specific IIB subunit  29.63 
 
 		 90 aa  42  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04023  hypothetical protein  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4802  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.31 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5710  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4662  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.31 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.833676  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4652  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.31 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04061  L-ascorbate-specific enzyme IIB component of PTS  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4745  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.31 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3799  phosphotransferase system lactose/cellobiose-specific IIB subunit  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2134  PTS system, lactose/cellobiose family IIB subunit  32.22 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4724  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4665  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.986318 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3819  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4438  PTS system L-ascorbate-specific transporter subunit IIB  32.26 
 
 		 101 aa  40.8  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0823  PTS system, lactose/cellobiose specific IIB subunit  27.27 
 
 		 89 aa  40.4  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.479852  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0646  putative PTS system, ascorbate-specific IIB component SgaB  28.57 
 
 		 96 aa  40  0.01  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>