143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0413 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0413  translation initiation factor Sui1  100 
 
 		 122 aa  242  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.205181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0413  translation initiation factor Sui1  95.08 
 
 		 122 aa  234  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2806  translation initiation factor Sui1  70.49 
 
 		 121 aa  174  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.297006  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0691  translation initiation factor Sui1  64.17 
 
 		 121 aa  163  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0343  translation initiation factor Sui1  61.48 
 
 		 121 aa  152  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000865275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1480  translation initiation factor Sui1  57.98 
 
 		 120 aa  148  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0626  translation initiation factor Sui1  59.46 
 
 		 123 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0611  translation initiation factor Sui1  54.03 
 
 		 123 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649934 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64000  translation initiation factor Sui1  57.02 
 
 		 123 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0605  translation initiation factor SUI1  56.76 
 
 		 184 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0566  translation initiation factor Sui1  54.03 
 
 		 123 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5560  translation initiation factor Sui1  57.02 
 
 		 123 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0726  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  54.55 
 
 		 144 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4599  translation initiation factor Sui1  53.23 
 
 		 123 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.062909 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4380  translation initiation factor Sui1  55.86 
 
 		 123 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.830208  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4841  translation initiation factor SUI1, putative  55.86 
 
 		 123 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3549  translation initiation factor SUI1  54.24 
 
 		 120 aa  133  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0680444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07040  translation initiation factor Sui1  58.06 
 
 		 123 aa  128  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2059  translation initiation factor SUI1  53.28 
 
 		 120 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2865  translation initiation factor SUI1  54.95 
 
 		 119 aa  127  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1443  translation initiation factor SUI1  51.26 
 
 		 125 aa  124  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00199904  normal  0.134693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5669  translation initiation factor SUI1  52.54 
 
 		 120 aa  121  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2734  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  51.24 
 
 		 141 aa  121  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.309058  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2195  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  53.15 
 
 		 121 aa  120  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0976146  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0267  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  54.39 
 
 		 124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1185  translation initiation factor SUI1  51.28 
 
 		 114 aa  115  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00309802  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0321  translation initiation factor SUI1  54.03 
 
 		 124 aa  111  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1568  translation initiation factor Sui1  52.21 
 
 		 121 aa  103  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.509215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1757  translation initiation factor SUI1  48.31 
 
 		 120 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1846  translation initiation factor Sui1  48.72 
 
 		 109 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000134227  hitchhiker  8.5212e-20 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1511  translation initiation factor Sui1  47.86 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000972273  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01259  translation initiation factor Sui1  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000686676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2365  translation initiation factor SUI1  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01270  hypothetical protein  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1394  translation initiation factor Sui1  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000598621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1485  translation initiation factor Sui1  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305323  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2344  translation initiation factor Sui1  47.86 
 
 		 108 aa  101  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000454927  unclonable  0.000000015805 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2639  translation initiation factor Sui1  45.76 
 
 		 109 aa  100  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2364  translation initiation factor Sui1  46.55 
 
 		 111 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0271288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1917  translation initiation factor Sui1  47.01 
 
 		 109 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000003145  hitchhiker  0.00000000000000420932 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2646  translation initiation factor Sui1  46.55 
 
 		 108 aa  98.2  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000146872  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000152  translation initiation factor SUI1-related protein  49.55 
 
 		 103 aa  97.4  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01715  Sui1 family protein  46.09 
 
 		 110 aa  96.7  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1443  translation initiation factor Sui1  43.59 
 
 		 108 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1625  translation initiation factor Sui1  43.59 
 
 		 108 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00194965  hitchhiker  4.78145e-19 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1830  translation initiation factor Sui1  43.59 
 
 		 108 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0277649  hitchhiker  8.595610000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1892  translation initiation factor Sui1  43.59 
 
 		 108 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.137818  hitchhiker  0.0000000000000626787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1835  translation initiation factor Sui1  43.59 
 
 		 108 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00136333  hitchhiker  0.000244384 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1737  translation initiation factor SUI1  46.55 
 
 		 108 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00084137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1704  translation initiation factor SUI1  46.15 
 
 		 108 aa  94.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00246322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1912  translation initiation factor Sui1  44.44 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000470884  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05783  translation initiation factor Sui1  50.45 
 
 		 103 aa  94.4  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2237  translation initiation factor Sui1  44.44 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0294222  normal  0.0125302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2023  translation initiation factor Sui1  44.44 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.785803  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0972  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  42.98 
 
 		 105 aa  94  6e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017895  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1238  translation initiation factor Sui1  43.44 
 
 		 109 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.120876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1592  translation initiation factor SUI1  45.95 
 
 		 106 aa  93.6  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2186  translation initiation factor Sui1  46.15 
 
 		 108 aa  93.6  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.019439  hitchhiker  0.000338309 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1627  translation initiation factor SUI1  48.18 
 
 		 113 aa  93.6  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3176  translation initiation factor Sui1  42.62 
 
 		 112 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00012053  hitchhiker  0.0057416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1338  translation initiation factor Sui1  41.88 
 
 		 109 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0446445  hitchhiker  0.000386966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3018  translation initiation factor Sui1  41.8 
 
 		 112 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000751139  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2203  translation initiation factor SUI1  43.24 
 
 		 114 aa  91.7  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.513989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3033  translation initiation factor Sui1  41.8 
 
 		 112 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000199492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1345  translation initiation factor Sui1  41.8 
 
 		 112 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00294429  hitchhiker  0.000000000546863 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1163  translation initiation factor SUI1  45.22 
 
 		 108 aa  90.9  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0953729  normal  0.11202 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2580  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  43.48 
 
 		 107 aa  90.5  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2675  translation initiation factor Sui1  44.74 
 
 		 121 aa  90.1  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000045449  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1133  translation initiation factor Sui1  42.74 
 
 		 109 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1201  translation initiation factor Sui1  45.61 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0177618  normal  0.884447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1200  translation initiation factor Sui1  45.61 
 
 		 109 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000764802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1271  translation initiation factor Sui1  45.61 
 
 		 109 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000428708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2680  translation initiation factor Sui1  44.74 
 
 		 109 aa  88.6  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3345  translation initiation factor Sui1  44.74 
 
 		 109 aa  87.8  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4512  translation initiation factor SUI1  46.96 
 
 		 112 aa  87  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.477068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2471  translation initiation factor Sui1  45.95 
 
 		 109 aa  86.3  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.827071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2099  putative translation initiation factor SUI1  51.76 
 
 		 117 aa  85.9  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0563  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  52.44 
 
 		 83 aa  85.5  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1145  translation initiation factor Sui1  44.14 
 
 		 109 aa  84.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.244875  normal  0.0321513 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0636  translation initiation factor Sui1  41.44 
 
 		 103 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171454  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3343  translation initiation factor Sui1  44.25 
 
 		 122 aa  82  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2419  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  55.84 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2851  translation initiation factor Sui1  41.44 
 
 		 109 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.181646  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0513  translation initiation factor Sui1  51.35 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.435578  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3689  putative translation initation factor SUI1  45.22 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3188  translation initiation factor SUI1  40.16 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00588203  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4810  translation initiation factor Sui1  46.34 
 
 		 116 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.61015 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2142  translation initiation factor Sui1  46.59 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183879  normal  0.356716 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3853  translation initiation factor SUI1  43.9 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2964  translation initiation factor Sui1  41.3 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1910  translation initiation factor Sui1  45.45 
 
 		 115 aa  71.6  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3154  translation initiation factor Sui1  41.3 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4092  translation initiation factor SUI1  43.53 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27071  translation initiation factor SUI1  39.78 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4188  translation initiation factor SUI1  40.59 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3941  translation initiation factor SUI1  46.05 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1997  translation initiation factor Sui1  41.58 
 
 		 101 aa  63.5  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0321  translation initiation factor Sui1  41.67 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0471  translation initiation factor SUI1  41.25 
 
 		 110 aa  62  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2049  translation initiation factor Sui1  34.65 
 
 		 102 aa  61.2  0.000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  9.06796e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>