62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1385 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1385  ferredoxin hydrogenase  100 
 
 		 123 aa  258  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1502  Ferredoxin hydrogenase  66.94 
 
 		 124 aa  171  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.658029  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0082  ferredoxin hydrogenase  58.54 
 
 		 123 aa  159  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2280  periplasmic (Fe) hydrogenase small subunit precursor  37.61 
 
 		 113 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  53.57 
 
 		 576 aa  70.5  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  51.85 
 
 		 574 aa  68.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  50.94 
 
 		 563 aa  66.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  46.55 
 
 		 573 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0847  iron hydrogenase, small subunit  44.86 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  54.39 
 
 		 580 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  50 
 
 		 593 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  53.19 
 
 		 583 aa  60.8  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  48.08 
 
 		 573 aa  60.5  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  37.29 
 
 		 582 aa  58.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  44.23 
 
 		 582 aa  59.3  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  44.23 
 
 		 582 aa  58.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3921  periplasmic Fe hydrogenase, small subunit  34.78 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3251  iron hydrogenase, small subunit  34.78 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000993896 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  35.23 
 
 		 520 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  39.29 
 
 		 569 aa  57.4  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  51.06 
 
 		 578 aa  57.4  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0710  iron hydrogenase, small subunit  34.78 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.910005  hitchhiker  0.0000547043 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  42.31 
 
 		 696 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  40 
 
 		 586 aa  56.2  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  48.08 
 
 		 578 aa  54.7  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  43.14 
 
 		 585 aa  54.3  0.0000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  33.9 
 
 		 582 aa  53.9  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  29.36 
 
 		 513 aa  53.9  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  46.15 
 
 		 585 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  46 
 
 		 573 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  38.1 
 
 		 582 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  43.14 
 
 		 581 aa  52.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  38.98 
 
 		 579 aa  51.6  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  42.31 
 
 		 644 aa  51.2  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  37.5 
 
 		 582 aa  50.4  0.000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  44.68 
 
 		 460 aa  50.8  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  48.89 
 
 		 458 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  37.5 
 
 		 570 aa  49.7  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  43.75 
 
 		 585 aa  48.9  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  42 
 
 		 573 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  38.46 
 
 		 594 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  44.68 
 
 		 574 aa  49.7  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  38.46 
 
 		 527 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  46.81 
 
 		 573 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  45.83 
 
 		 596 aa  47.8  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  42.86 
 
 		 581 aa  47  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  40.38 
 
 		 587 aa  47  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  41.18 
 
 		 590 aa  47  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  36.54 
 
 		 587 aa  47  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  38.6 
 
 		 625 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  30.3 
 
 		 523 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  41.18 
 
 		 578 aa  46.6  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1926  hypothetical protein  31.87 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.604113  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  37.04 
 
 		 666 aa  45.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  42.86 
 
 		 582 aa  45.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  25 
 
 		 549 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  37.04 
 
 		 619 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  37.25 
 
 		 696 aa  45.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  30.56 
 
 		 601 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  31.58 
 
 		 615 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  40.43 
 
 		 577 aa  42.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  33.85 
 
 		 598 aa  42.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>