48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2280 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2280  periplasmic (Fe) hydrogenase small subunit precursor  100 
 
 		 113 aa  234  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0847  iron hydrogenase, small subunit  62.04 
 
 		 115 aa  114  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1385  ferredoxin hydrogenase  37.61 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0082  ferredoxin hydrogenase  39.25 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1502  Ferredoxin hydrogenase  40.19 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.658029  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  54.9 
 
 		 574 aa  56.6  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  53.7 
 
 		 576 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  54.9 
 
 		 563 aa  55.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  38.27 
 
 		 520 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  50.91 
 
 		 573 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  51.67 
 
 		 578 aa  55.1  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3921  periplasmic Fe hydrogenase, small subunit  38.14 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  47.76 
 
 		 583 aa  53.5  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3251  iron hydrogenase, small subunit  38.14 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000993896 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0710  iron hydrogenase, small subunit  38.14 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.910005  hitchhiker  0.0000547043 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  51.92 
 
 		 581 aa  53.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  43.33 
 
 		 582 aa  52.8  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  43.33 
 
 		 582 aa  52.8  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  48.15 
 
 		 570 aa  51.6  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  39.13 
 
 		 586 aa  52  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  42.62 
 
 		 582 aa  51.2  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  48.15 
 
 		 580 aa  49.7  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  48.28 
 
 		 578 aa  48.9  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  45.45 
 
 		 579 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  46.3 
 
 		 582 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  42.59 
 
 		 582 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  47.27 
 
 		 569 aa  49.3  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  44.44 
 
 		 590 aa  48.9  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  37.21 
 
 		 574 aa  47.8  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  37.5 
 
 		 527 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  41.27 
 
 		 585 aa  47  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  43.86 
 
 		 593 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  38.98 
 
 		 619 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  46.3 
 
 		 460 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  46.3 
 
 		 573 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  35.59 
 
 		 598 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1926  hypothetical protein  35.71 
 
 		 135 aa  44.7  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.604113  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  48.15 
 
 		 573 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  39.29 
 
 		 606 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  52.5 
 
 		 578 aa  43.5  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  38.71 
 
 		 549 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  46.34 
 
 		 587 aa  42.4  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  42.59 
 
 		 573 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  38.98 
 
 		 594 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  38.33 
 
 		 585 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  40.74 
 
 		 587 aa  41.2  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  39.34 
 
 		 585 aa  40.8  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  42.59 
 
 		 573 aa  40.4  0.009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>