More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_893 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_De16S  16S ribosomal RNA  99.44 
 
 		 1435 bp  2781    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.56338  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0032  16S ribosomal RNA  98.93 
 
 		 1509 bp  2827    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103754  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_893  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1490 bp  2954    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.11071  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0047  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.550323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0014  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823591  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0094  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.209006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0001  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.764538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0050  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000108329  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0031  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000490683  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0078  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0061  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1612 bp  509  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000932008  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1509 bp  472  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 1498 bp  460  1e-127  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 1505 bp  460  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 1498 bp  460  1e-127  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 1505 bp  460  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0054  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1521 bp  458  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0158667  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0023  16S ribosomal RNA  82.85 
 
 		 1479 bp  454  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.382487  normal  0.0885357 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0041  16S ribosomal RNA  82.85 
 
 		 1479 bp  454  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0024  16S ribosomal RNA  82.85 
 
 		 1479 bp  454  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0041  16S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 1521 bp  450  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0066  16S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 1521 bp  450  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0058  16S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 1521 bp  450  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0070  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0080  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0029  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0017  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0056  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0042  16S ribosomal RNA  82.71 
 
 		 1479 bp  446  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00382367  normal  0.418818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0036  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1513 bp  446  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2998  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3001  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1517 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3004  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3007  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3013  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3018  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1518 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3021  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1518 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r01  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r04  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r10  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r13  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r16  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r19  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r22  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r26  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1522 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r30  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1517 bp  444  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  82.93 
 
 		 1501 bp  438  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  82.93 
 
 		 1501 bp  438  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  82.93 
 
 		 1501 bp  438  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3010  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1522 bp  436  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0055  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1532 bp  434  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000155222  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0007  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1532 bp  434  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000153134  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0050  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1532 bp  434  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000160019  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0029  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1532 bp  434  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000263797  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  82.66 
 
 		 1512 bp  422  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  82.66 
 
 		 1512 bp  422  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0002  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.272962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0066  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.043878  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0086  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0165125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0071  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.121769  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0092  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00736494  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0089  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1523 bp  416  1e-114  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00770001  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  82.55 
 
 		 1505 bp  414  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  82.55 
 
 		 1505 bp  414  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  82.55 
 
 		 1505 bp  414  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  82.55 
 
 		 1505 bp  414  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0050  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1512 bp  412  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.27302  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0027  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1512 bp  412  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.931505  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0005  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1512 bp  412  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564871  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1511 bp  408  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1511 bp  408  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0011  16S ribosomal RNA  82.54 
 
 		 1525 bp  406  1e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.202873  normal  0.511019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1506 bp  400  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0001  16S ribosomal RNA  82.17 
 
 		 1466 bp  398  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.5792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0014  16S ribosomal RNA  82.17 
 
 		 1431 bp  398  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0157988  normal  0.147307 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0026  16S ribosomal RNA  82.17 
 
 		 1466 bp  398  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.018663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0056  16S ribosomal RNA  82.17 
 
 		 1431 bp  398  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.046608  normal  0.0392849 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0038  16S ribosomal RNA  90.06 
 
 		 1477 bp  391  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.319157  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0003  16S ribosomal RNA  82.13 
 
 		 1533 bp  392  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0025  16S ribosomal RNA  90.06 
 
 		 1477 bp  391  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0178526  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0016  16S ribosomal RNA  90.06 
 
 		 1477 bp  391  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000540831  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0008  16S ribosomal RNA  90.06 
 
 		 1478 bp  391  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0215211  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  82.39 
 
 		 1524 bp  389  1e-105  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  82.39 
 
 		 1524 bp  389  1e-105  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0038  16S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 1533 bp  385  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000360031  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0055  16S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 1533 bp  385  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000356677  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0039  16S ribosomal RNA  81.63 
 
 		 1493 bp  375  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0021  16S ribosomal RNA  81.63 
 
 		 1493 bp  375  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0038  16S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 1479 bp  371  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0029  16S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 1479 bp  371  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.726938 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0011  16S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 1479 bp  371  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0011  16S ribosomal RNA  82.04 
 
 		 1507 bp  373  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0991443  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0029  16S ribosomal RNA  82.04 
 
 		 1507 bp  373  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.000204422  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  81.65 
 
 		 1513 bp  367  6e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  81.65 
 
 		 1513 bp  367  6e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0006  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 		 1488 bp  355  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0630804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0024  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 		 1490 bp  355  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000346513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0035  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 		 1488 bp  355  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298537  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>