More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0011 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009077  Mjls_R0021  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1515 bp  2272    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.812892  normal  0.0276093 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22220  16S ribosomal RNA  90.23 
 
 
1527 bp  1772    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.755159 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0045  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1520 bp  1021    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000645163  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0032  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 
1532 bp  1620    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0057  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 
1532 bp  1620    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0029  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.174101 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0029  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 
1519 bp  1019    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.247127  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0050  16S ribosomal RNA  91.02 
 
 
1512 bp  1207    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.27302  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0017  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  92.91 
 
 
1505 bp  2105    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  92.91 
 
 
1505 bp  2105    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0052  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 
1519 bp  1019    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0363262  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21650  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 
1523 bp  1685    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0589371  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  93.92 
 
 
1511 bp  2216    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10550  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1527 bp  1764    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0842683  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0056  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1519 bp  1259    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  90.61 
 
 
1527 bp  1861    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05560  16S ribosomal RNA  92 
 
 
1527 bp  2018    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1519 bp  1259    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0013  16S ribosomal RNA  88.75 
 
 
1519 bp  1027    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0019  16S ribosomal RNA  88.34 
 
 
1534 bp  1612    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25530  16S ribosomal RNA  92 
 
 
1527 bp  2018    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  91.75 
 
 
1510 bp  1239    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  91.75 
 
 
1510 bp  1239    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  91.75 
 
 
1510 bp  1239    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  91.75 
 
 
1510 bp  1239    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0018  16S ribosomal RNA  91.04 
 
 
1517 bp  1895    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.298469  normal  0.903608 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  90.64 
 
 
1501 bp  1861    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  90.64 
 
 
1501 bp  1861    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  90.64 
 
 
1501 bp  1861    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  92.44 
 
 
1540 bp  2089    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1412  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 
1474 bp  1035    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0024  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 
1536 bp  1005    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0004  16S ribosomal RNA  90.61 
 
 
1511 bp  1830    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.738852  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1528 bp  1259    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1528 bp  1259    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1407  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 
1474 bp  1035    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00014225 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1512 bp  1826    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1512 bp  1826    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 
1505 bp  1233    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  93.99 
 
 
1511 bp  2224    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 
1505 bp  1233    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0046  16S ribosomal RNA  85.2 
 
 
1500 bp  997    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.473893 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0079  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 
1532 bp  1620    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06910  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1527 bp  1764    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13550  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 
1523 bp  1677    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0361691  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0070  16S ribosomal RNA  88.34 
 
 
1534 bp  1612    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0736404  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  90.69 
 
 
1512 bp  1152    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  90.69 
 
 
1512 bp  1152    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  90.69 
 
 
1512 bp  1152    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0060  16S ribosomal RNA  90.69 
 
 
1512 bp  1152    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.889945  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0024  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1515 bp  2272    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.707954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0041  16S ribosomal RNA  94.32 
 
 
1515 bp  2256    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00000734371  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  90.61 
 
 
1527 bp  1861    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04500  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 
1523 bp  1685    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0039  16S ribosomal RNA  91.04 
 
 
1517 bp  1895    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0163381  hitchhiker  0.00923101 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0065  16S ribosomal RNA  91.75 
 
 
1510 bp  1239    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03860  16S ribosomal RNA  91.08 
 
 
1632 bp  1893    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0341976  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14290    90.21 
 
 
2926 bp  1489    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0036  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223825  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  92.98 
 
 
1505 bp  2113    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0014  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 
1431 bp  803    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0157988  normal  0.147307 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0001  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 
1466 bp  811    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.5792  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0056  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 
1431 bp  811    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.046608  normal  0.0392849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0026  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 
1466 bp  811    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.018663  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1526 bp  1160    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 
1526 bp  1168    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 
1526 bp  1168    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1525 bp  1152    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0035  16S ribosomal RNA  91.25 
 
 
1507 bp  1913    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000731111  normal  0.0208084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0053  16S ribosomal RNA  91.25 
 
 
1507 bp  1913    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0136831  normal  0.0232267 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1498 bp  1241    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0068  16S ribosomal RNA  91.25 
 
 
1507 bp  1913    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253796  decreased coverage  0.00746602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 
1517 bp  1197    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 
1517 bp  1197    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 
1517 bp  1197    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 
1517 bp  1197    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 
1517 bp  1197    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  94.71 
 
 
1513 bp  2315    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  94.71 
 
 
1513 bp  2315    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0038  16S ribosomal RNA  94.32 
 
 
1515 bp  2242    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00000101805  decreased coverage  0.0014476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  90.51 
 
 
1509 bp  1818    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  90.12 
 
 
1520 bp  1798    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  90.12 
 
 
1520 bp  1798    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0021  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1515 bp  2272    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.222363 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0038  16S ribosomal RNA  94.32 
 
 
1515 bp  2256    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  93.79 
 
 
1515 bp  2202    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  93.65 
 
 
1515 bp  2187    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  92.98 
 
 
1505 bp  2113    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  92.85 
 
 
1506 bp  2091    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1498 bp  1241    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1519 bp  1259    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 
1528 bp  1259    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07440  16S ribosomal RNA  92 
 
 
1527 bp  2018    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.496613 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0070  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0080  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 
1513 bp  1136    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37140  16S ribosomal RNA  90.23 
 
 
1527 bp  1772    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.691102  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0005  16S ribosomal RNA  90.92 
 
 
1512 bp  1199    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564871  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0027  16S ribosomal RNA  91.02 
 
 
1512 bp  1207    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.931505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>