126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0048 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  91.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  88.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  86.57 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0077  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  85.29 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  86.79 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  86.79 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0011  tRNA-Tyr  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000214053  hitchhiker  0.00323075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  86.79 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  84.72 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  84.72 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0013  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000305155  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  85.07 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  84.75 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0017  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>