63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0054 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  95.18 
 
 
83 bp  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  95.18 
 
 
83 bp  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
83 bp  109  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
83 bp  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0019  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
84 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164183  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  86.84 
 
 
84 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  86.84 
 
 
84 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  86.84 
 
 
84 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
81 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  91.3 
 
 
84 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0039  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0042  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0056  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309553  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA36  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.881031  normal  0.0480599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0027  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190933  normal  0.0646404 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0077  tRNA-Tyr  90.57 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0041    84.52 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0053  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
86 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122599  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0073  tRNA-Tyr  94.44 
 
 
86 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665729  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  87.3 
 
 
81 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
84 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
84 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  86.54 
 
 
84 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0033  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392734 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0068  tRNA-Tyr  96.3 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  96.3 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0022  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0313146  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  87.23 
 
 
81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  87.23 
 
 
81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  87.23 
 
 
81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNATyrVIMSS1309298  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0675624 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNATyrVIMSS1309353  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  96.3 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  92.11 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  92.11 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  92.11 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  85.48 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  85.48 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.112796 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>