220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0037 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0260276 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.021593 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0045  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla02  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.970472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0027  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.554328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt45  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0045  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000176076  normal  0.226339 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0277  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.5301700000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1915  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000764546  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0010  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.870532  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0016  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.367308  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0052  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.495975  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0036  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.121176  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0431  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.147993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00184226  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1248  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.134542  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt40  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt41  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0046  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.461452  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt023  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00025586  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0011  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0002  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0413  tRNA-Val  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.117487  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>