More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0006 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0051  tRNA-Val  96.77 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0030  tRNA-Val  96.77 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000010319  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0035  tRNA-Val  96.77 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000297756  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0011  tRNA-Val  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000197558  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0063  tRNA-Val  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1830  tRNA-Val  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.367633  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0168  tRNA-Val  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0024  tRNA-Val  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1227  tRNA-Val  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.411176  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt40  tRNA-Val  97.78 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt41  tRNA-Val  97.78 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0074  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1617  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.623903 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0455  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1582  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0014  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0413  tRNA-Val  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.117487  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0051  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0053  tRNA-Val  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000170226  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0027  tRNA-Val  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0011  tRNA-Val  95.45 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>